Evidence-based medicine and big genomic data

Abstract

Genomic and other related big data (Big Genomic Data, BGD for short) are ushering a new era of precision medicine. This overview discusses whether principles of evidence-based medicine hold true for BGD and how they should be operationalized in the current era. Major evidence-based medicine principles include the systematic identification, description and analysis of the validity and utility of BGD, the combination of individual clinical expertise with individual patient needs and preferences, and the focus on obtaining experimental evidence, whenever possible. BGD emphasize information of single patients with an overemphasis on N-of-1 trials to personalize treatment. However, large-scale comparative population data remain indispensable for meaningful translation of BGD personalized information. The impact of BGD on population health depends on its ability to affect large segments of the population. While several frameworks have been proposed to facilitate and standardize decision making for use of genomic tests, there are new caveats that arise from BGD that extend beyond the limitations that were applicable for more simple genetic tests. Non-evidence-based use of BGD may be harmful and result in major waste of healthcare resources. Randomized controlled trials will continue to be the strongest arbitrator for the clinical utility of genomic technologies, including BGD. Research on BGD needs to focus not only on finding robust predictive associations (clinical validity) but also more importantly on evaluating the balance of health benefits and potential harms (clinical utility), as well as implementation challenges. Appropriate features of such useful research on BGD are discussed.

About Errors in Meta-Analyses of Cardiovascular Effects of Omega-3 PUFA Part 1. Pharmacological and Clinical Aspects of Validity in the Era of Post-Genomic Research, Artificial Intelligence and Big Data Analysis

“…В-третьих, после более детального анализа других работ авторов вспоминаются слова профессора Дж. Иоаннидиса: «Доказательность чрезвычайно уязвима к обоснованным упрекам в том, что отражает не объективную реальность, а просто устоявшееся мнение» [1,2]. Действительно, когда главнейшие выводы доказательных кохрейновских иссле- дований звучат как «физкультура полезна для дошкольников, но зависит от погоды» (trial in this outdoor setting with this population was feasible but is weather sensitive) [21], «более низкое потребление жира ведет к малому, но статистически значимому снижению массы тела» (lower total fat intake leads to small but statistically significant and clinically meaningful, sustained reductions in body weight in adults) [22], «регулярные упражнения улучшают гликемический контроль у пациентов с сахарным диабетом 2-го типа» [23], «сжимаемые бутылки с соской удобнее при использовании у грудных детей (с расщелиной неба)» (squeezable bottles appear easier to use than rigid feeding bottles for babies born with clefts of the lip and/or palate) [24], «нельзя исключить клинически важные эффекты от снижения потребления поваренной соли на сердечно-сосудистую патологию» (there is still insufficient power to exclude clinically important effects of reduced dietary salt on mortality or CVD morbidity) [ Из таких омега-3 ПНЖК, как декозагексаеновая и эйкозапентаеновая, образуются важнейшие регуляторы воспаления -эйкозаноиды и докозаноиды, в том числе нейропротектины, резолвины и маресины [42].…”

“…В эпоху постгеномных исследований, когда массив описаний пациентов может включать миллионы признаков (нуклеотидные вариации, транскриптомные и метаболомные данные и др. ), понятие доказательности также должно развиваться и включать большие данные функциональной геномики [1]. Этим объясняется необходимость использования новейших методов анализа больших данных и вовлечения в доказательную медицину соответствующих специалистов [2].…”

“…[37,48], в частности в отмененном кохрейновском метаанализе 2001 г. 1 Похожие перечни встречаются на новостном сайте Би-би-си 2 . В конце перечня рыб и растений авторы делают приписку, что декозагексаеновая и эйкозапентаеновая кислоты «также были приемлемы» (refined EPA, DHA or alpha-linolenic acids, or concentrated fish or algal oils, were also accepted).…”

Implications of the ABCD study for developmental neuroscience

“…The open-access model of ABCD reflects the emerging zeitgeist of transparency and reproducibility in science ( Ioannidis and Khoury, 2018 ), and holds potential to “let a thousand flowers bloom” with discovery science. This poses its own set of problems, however.…”

A reality check on big data

“…When good data and bad data are combined the weakest link dictates. It may be that higher statistical thresholds will be required [5].…”