Deteksi Gen Laten Membrane Protein-1 Epstein-Barr Virus Pada Karsinoma Nasofaring

Abstract

This research aimed to identify LMP-1 EBV gene as a biomarker in NPC diagnosis. Cross-sectional study with consecutive sampling technique was applied. Samples were the whole blood of NPC WHO-3 patients collected from those untreated since 2014 in the Department of Otorhinolaryngologica, Prof. dr. Margono Soekarjo Hospital, Purwokerto. A total of 22 research subjects for NPC WHO-3 patients were completed with informed consent. The samples were subjected to DNA isolation by using Purelink® DNA/RNA viral (Invitrogen) kit protocols to obtain 100µL DNA solution, which were then stored for a long period of time at -80°C. Conventional PCR technique was performed to detect LMP1 gene to amplify the DNA of LMP1 gene resulting in a DNA amplicon of 142 bp. Analysis of the PCR method sensitivity and the results of LMP-1 gene identification were carried out descriptively by comparing the detection results obtained in this study with the results of previous ones related. The sensitivity of LMP1 gene is 77.27%, indicating a high sensitvity.The results show that LMP-1 gene as a biomarker in the diagnosis of NPC can be detected using conventional PCR technique. Conventional PCR sensitivity in the detection of LMP1gene shows higher sensitivity in compare to LMP-1 EBV gene deletion of 30 bp and LMP2A. Keywords: Epstein-Barr Virus, LMP-1 gene, Diagnosis, Nasopharyngeal Carcinoma AbstrakPenelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi gen LMP-1 EBV sebagai biomarka diagnosis KNF. Desain penelitian ini adalah studi cross-sectional dengan teknik consecutive sampling. Sampel adalah darah total pasien KNF WHO-3 yang dikumpulkan dari pasien yang belum menjalani terapi dari tahun 2014 pada Departemen Telinga Hidung Tenggorok -Kepala Leher, Rumah Sakit Prof. dr. Margono Soekarjo, Purwokerto. Total subyek penelitian adalah 22 orang untuk NPC WHO-3 pasien dengan informed consent. Sampel diisolasi dengan protokol kit Purelink® DNA / RNA (Invitrogen) untuk mendapatkan larutan DNA 100μL dan disimpan dalam waktu lama pada suhu -80 ° C. Teknik PCR konvensional dilakukan untuk mendeteksi gen LMP1 dengan mengamplifikasi DNA gen EBV LMP1 yang menghasilkan amplikon DNA berukuran 142 bp. Analisis sensitivitas metode PCR dan hasil identifikasi gen LMP-1 dilakukan menggunakan metode deskriptif dengan membandingkan hasil deteksi yang diperoleh pada penelitian ini dengan hasil penelitian terdahulu yang terkait. Hasil penelitian menunjukkan bahwa gen LMP-1 EBV sebagai biomarka diagnosis KNF dapat dideteksi menggunakan teknik PCR konvensional yang menghasilkan amplikon DNA berukuran 142 bp. Sensitivitas gen LMP1 adalah 77,27%, yang menunjukkan sensitivitas tinggi. Sensitivitas PCR konvensional dalam mendeteksi gen EBMP LMP-1 lebih tinggi bila dibandingkan dengan gen EBMP LMP-1 30 bp dan LMP-2A EBV.

HUBUNGAN IgA ANTI-VCA EVB DENGAN GAMBARAN HISTOPATOLOGI PADA PENDERITA KARSINOMA NASOFARING

“…DNA EBV berhasil diisolasi pada hampir semua sel KNF, hal tersebut membuktikan bahwa adanya hubungan antara infeksi EBV dengan kejadian KNF. Selain itu, studi tersebut juga menyimpulkan bahwa teknik PCR konvensional dapat digunakan untuk mendeteksi gen LMP-1 EBV yang selanjutnya digunakan sebagai biomarka KNF [25]. Umumnya sebagian besar penderita KNF berada pada stadium 3 dan 4 saat didiagnosis.…”