Detection Method for Salmonella Typhimurium and Salmonella Enteritidis using Real-Time Polymerase Chain Reaction

Abstract

Salmonella is a pathogenic bacterium that can cause serious harm to humans. Chicken carcasses have been reported contaminated by Salmonella, especially S. Typhimurium and S. Enteritidis. These two serovars are very difficult to be confirmed and distinguished using biochemical analysis, therefore a rapid method for detection and differentiation of both is required. The objective of this study was to evaluate designed primer for detection and differentiation of S. Typhimurium and S. Enteritidis on chicken carcasses using real time Polymerase Chain Reaction (rt-PCR). Detection of Salmonella spp. was conducted using primer sequence from invA gene. Differentiation of both Salmonella serovars was conducted using specific target gene from S. Typhimurium (STM) and specific virulence plasmid of S. Enteritidis (Prot6E). The result showed that invA primer effective to detect all species Salmonella tested and has good specificity that could not detect Escherichia coli and Shigella dysenteriae in the similar melting temperature. Two specific primers STM and prot6E have distinguished between S. Typhimurium and S. Enteritidis. Sensitivity of method showed very good with 0.5 μM primer concentration of invA, STM and prot6E that were 0.2 pg, 22 pg and 28 pg respectively. Initial trial showed that this method can be applied for detection of Salmonella spp. and two serovars in chicken carcasses.

Prevalence of Salmonella spp. in fresh fish and shrimp in Semarang’s Traditional Markets (Indonesia) through Polymerase Chain Reaction

“…This suggests that the primers used to detect the presence of the Salmonella spp gene are appropriate, whereas in this study the primary pair F 139 -R 140 encoding the Salmonella spp invA gene was used. These results are in line with research conducted by Nurjanah et al (2018) and Amalia et al (2014), in which both studies also used the same primers to detect the presence of Salmonella spp's DNA.…”

Optimización de la PCR en punto final y en tiempo real para la detección de Salmonella enterica serotipo Gallinarum en aves de corral de Costa Rica

“…El procedimiento de extracción de ácidos nucleicos que se realizó en este estudio muestra una recuperación de ADN total adecuado para posteriores análisis de detección molecular. Sin embargo, las concentraciones de ADN obtenidas fueron menores a las reportadas por autores como Nurjanah et al (2018), los cuales, mediante diferentes protocolos, lograron extraer hasta 200ng/μl de ADN a partir de cultivos de S. Typhimurium y S. Enteritidis. Por otro lado, al evaluar la pureza del ADN extraído en la relación de absorbancia 260/280 (A260/280) se obtuvieron valores cercanos a 1,8 lo cual refleja una baja contaminación con proteínas.…”

“…El porcentaje de eficiencia obtenido para la qPCR demuestra que el producto de la amplificación se duplica en cada uno de los ciclos hasta completar los 40 ciclos. Según Nurjanah et al (2018) el porcentaje de eficiencia aceptable para una qPCR se debe encontrar entre 90% y 110% con una pendiente de -3,6 a -3,1. Además, un coeficiente de regresión (R 2 ) cercano a 1,0, como el obtenido, corresponde a una elevada correlación entre los valores de Ct y la cantidad de ADN (Álvarez et al, 2018) demostrando que, durante la etapa exponencial de la reacción existe una duplicación del ADN molde luego de cada ciclo, permitiendo así obtener una elevada eficiencia.…”

SIMPLEKS DAN MULTIPLEKS PRE-ENRICHMENT-PCR UNTUK DETEKSI Salmonella Enteritidis DAN Typhimurium PADA KARKAS AYAM

“…BPW mengandung pepton sebagai sumber nutrisi berupa nitrogen, karbon, vitamin, dan mineral serta NaCl untuk mempertahankan keseimbangan osmotik dan fosfat sebagai buffer (Taskila et al, 2012). Deteksi dengan kuantifikasi dapat dilakukan dengan menggunakan quantitatif PCR atau realtime PCR (Nurjanah et al, 2018).…”