El objetivo fue determinar la prevalencia y posibles factores de riesgo asociados a la excreción de ooquistes de Cryptosporidium spp en excremento de bovinos Holstein en fincas de producción lechera de Boyacá, Colombia. Se colectaron 100 muestras de materia fecal de bovinos hembras mediante estimulación rectal. Con la técnica de Ziehl Neelsen modificada se determinó la excreción de ooquistes de Cryptosporidium spp. Para conocer los posibles factores asociados se usó la prueba de Ji cuadrada teniendo como variable dependiente la presencia de ooquistes de Cryptosporidium spp y como independientes la presencia de diarrea (si, no), edad (<12 meses, >12 meses), finca de procedencia (1, 2, 3, 4) y estado reproductivo (gestante, vacía). Las variables con P<0,05 fueron analizadas mediante regresión logística. La prevalencia general de bovinos excretando ooquistes de Cryptosporidium spp fue de 48 % (48/100). Las explotaciones ganaderas estudiadas presentaron prevalencias de 11.1, 43.8, 50.8 y 66.6 % para las explotaciones 1, 2, 3 y 4 respectivamente (P>0.05). Las variables que durante el análisis con X2 tuvieron valores P<0.05 fueron edad y presencia de diarrea. Los bovinos con diarrea (OR= 2.99, P= 0.038) y <12 meses de edad (OR=9.42, P= 0.037) fueron los factores asociados a la excreción de ooquistes de Cryptosporidium spp. Los bovinos de fincas lecheras de Boyacá, presentan alta prevalencia de excreción de ooquistes de Cryptosporidium spp; bovinos con diarrea y menores de 12 meses de edad son los que presentaron el parásito con mayor frecuencia.