Asymmetric real-time PCR and multiplex melting curve analysis with TaqMan probes for detecting PIK3CA mutations

Abstract

The data in this article are related to the research article entitled “Optimization of melting analysis with TaqMan probes for detection of KRAS, NRAS, and BRAF mutations” Botezatu et al. [1]. Somatic mutations in the PIK3CA gene (“hot spots” in exons 9 and 20) are found in many human cancers, and their presence can determine prognosis and a treatment strategy. An effective method of mutation scanning PIK3CA in clinical laboratories is DNA Melting Analysis (DMA) (Vorkas et al., 2010; Simi et al., 2008) [2], [3]. It was demonstrated recently that the TaqMan probes which have been long used in Real Time PCR may also be utilized in DMA (Huang et al., 2011) [4]. After optimization of this method Botezatu et al. [1], it was used for multiplex scanning PIK3CA hotspot mutations in formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) samples from patients with colorectal and lung cancer.

Taqman Probes as Blocking Agents for Enriched PCR Amplification and DNA Melting Analysis of Mutant Genes

“…Selection of which of the two strands should be a target for the TaqMan probe can significantly affect discrimination between the wild-type and mutant alleles (Supplementary Figure S1). Thus, the ability to detect mutations in both strands of the amplicon can increase the reliability and sensitivity of the assay (14,15). …”

Highly sensitive scanning of gene mutations: TaqMan probes as blocking agents

“…Поэтому важ-ной задачей является внедрение в клиническую прак-тику новых способов мутационного сканирования, более чувствительных, чем существующие, и в то же время простых, экономичных и производительных. В наибольшей степени удовлетворяет этим условиям недавно появившийся метод -анализ плавления ДНК (DNA Melting Analysis, DMA) с зондами TaqMan [9][10][11] (ранее они использовались исключительно для поли-меразной цепной реакции (ПЦР) в реальном времени (РВ) [12]). …”

“…Основной пик (гомодуплекс) отражает присут-ствие аллеля «дикого» типа, пик, расположенный левее, в области меньших температур (гетеродуплекс), -при-сутствие мутантных аллелей. DMA в стандартных условиях (DMA st ) [10,11]. Раз-мер ампликона гена BRAF (Genbank Accession number NC_000007.14), последовательности праймеров и зон-дов TaqMan представлены в табл.…”

“…Усовершенствованный метод был успешно применен в клиническом мутацион-ном сканировании генов KRAS, NRAS, BRAF и PIK3CA [10,11].…”

Detection of gene mutations in genome “hot” spots: “hairpin” amplicons in DNA melting analysis

“…Он прост в исполнении, производителен, экономичен и, кроме того, реализуется в «закрытом формате», исключающем перекрестное загрязнение образцов [3][4][5]. В наших предыдущих исследова-ниях было показано, что зонды TaqMan могут быть использованы не только для мониторинга полиме-разной цепной реакции (ПЦР) в реальном времени (ПЦР-РВ) и сканирования мутаций посредством DMA, но и в качестве блокирующих амплификацию Выявление мутаций в «горячих» участках генома: ампликоны-«шпильки» в методе плавления ДНК …”