A participação nas aulas de Educação Física (EF) está associada à integração das pessoas às atividades física mesmo fora da escola. O objetivo deste artigo foi descrever e analisar as associações entre relações de gênero, classe e raça na participação nas aulas de EF no Brasil. Para tanto, utilizamos dados da Pesquisa Nacional de Saúde do Escolar (PeNSE), de 2015 e 2019, abrangendo um total de 272.520 estudantes entrevistados em 4.670 escolas. Por meio de boxplots, apontamos que meninas, negros/as e alunos de escolas públicas têm tempos semanais menores de atividade física na EF (TAEF) do que seus pares e que os valores de TAEF observados em 2019 são, em geral, inferiores aos de 2015. A comparação entre as duas pesquisas deu um caráter longitudinal a esta etapa do estudo. Esses resultados foram ratificados por meio de regressões lineares multivariadas, destacando que as relações de gênero tendem a produzir menores valores de TAEF para as meninas em comparação aos meninos, inclusive fixando os efeitos da regressão por escola. Neste caso, como não diferenciamos o ano de realização da PeNSE, a análise foi essencialmente transversal. Nossos resultados apontam que as desigualdades de participação nas aulas de EF reforçam o cenário observado fora da escola, não contribuindo para que a disciplina cumpra seu papel de integrar os/as jovens ao mundo da cultura corporal de movimento.