RESUMOSão poucos os softwares disponíveis para a análise de parentesco e, até a presente data, nenhum pode realizar a análise de parentesco para organismos poliplóides, com número par (2k) de cromossomos. Implementou-se junto ao programa R uma rotina capaz de executar a análise de parentesco para qualquer nível 2k de ploidia, número de indivíduos (ou populações) e número de gerações envolvidas na árvore genealógica. A função principal, calc.rxy() calcula o coeficiente de endogamia (F X ) de cada indivíduo; coeficientes de parentesco (r XY ) entre dois indivíduos quaisquer; e coeficiente de parentesco médio, variância, mínimo e máximo, para cada indivíduo. Ela pode mostrar a matriz completa de parentesco ou uma submatriz pré-definida de indivíduos selecionados. Adicionalmente, foram incluidas funções que servem para identificar erros de redundância dos dados originais (checar.nomes()) e para identificar os pares de indivíduos com r XY superior a certo limite especificado pelo pesquisador (corte.rxy()). Essas funções podem ser usadas na análise de pedigrees com um número elevado de indivíduos e poderão ser utilizadas pela comunidade científica livremente, sem restrições à plataforma operacional utilizada. Destaca-se a vantagem em se poder trabalhar com qualquer nível 2k de ploidia, mesmo quando existe a possibilidade de certo indivíduo ser oriundo de autofecundação, aspecto comum em várias espécies vegetais.Palavras-chave: genética de populações, poliplóides, análise de pedigree.
ABSTRACT
ANALYSIS OF THE INBREEDING AND COANCESTRY COEFFICIENTS FOR ANY PLOIDY LEVEL USING THE STATISTICAL PACKAGE RThere are few softwares available to analyze relatedness among individuals and, to date, none can perform this analysis for polyploid organisms, with even number (2k) of chromosomes. This work implements within package able to execute an analysis of relatedness for any 2k-ploidy level, number of individuals (or populations) and number of generations in the pedigree. The main function, calc.rxy(), calculates the inbreeding coefficient (F X ) of each individual; coancestry coefficients (r XY ) between any two individuals; and average, variance, minimum and maximum of coancestry coefficient for each selected individual. A complete matrix of coancestry or any sub-matrix for selected individuals can be output. In