Analisis Diversitas Genetik Aksesi Kelapa Sawit Kamerun Berdasarkan Marka SSR

Abstract

<p>ABSTRAK<br />Diversitas genetik aksesi kelapa sawit Indonesia saat ini sangat<br />rendah. Dalam usaha meningkatkan keragaman genetik telah dilakukan<br />eksplorasi plasma nutfah di pusat keragaman genetik kelapa sawit di<br />Kamerun. Tujuan dari penelitian ini untuk mengetahui diversitas genetik<br />dan tingkat polimorfisme berdasarkan marka SSR aksesi-aksesi kelapa<br />sawit Kamerun. Bahan tanaman yang digunakan 49 aksesi kelapa sawit<br />Kamerun, Afrika yang ditanam di Kebun Sumber Daya Genetik (SDG)<br />Sawit Sijunjung, Sumatera Barat. DNA genomik diisolasi dari tiap<br />individu aksesi menggunakan protokol isolasi DNA untuk tanaman<br />bergetah. DNA dianalisis menggunakan 20 marka SSR. Dendrogram<br />kekerabatan dikonstruksi menggunakan metode Unweighted Pair Group<br />Method Arithmetic (UPGMA) melalui software NTSYS-pc (Numerical<br />Taxonomy and Multivariate Analysis System) versi 2.1-pc. Hasil penelitian<br />menunjukkan nilai polimorfisme information content (PIC) marka SSR<br />tinggi sebesar 0,80 (berkisar 0,63-0,91). Jumlah alel yang terdeteksi per<br />marka SSR berkisar antara 4-15 alel per lokus SSR (rata-rata 8,75).<br />Analisis filogenetik 49 aksesi menghasilkan diversitas genetik 12,5-<br />54,72% (kemiripan genetik 55,28-87,50%). Pada diversitas genetik<br />54,72%, aksesi Kamerun terbagi menjadi tujuh kelompok masing-masing<br />terdiri dari 9, 28, 4, 2, 1, 2, dan 3 aksesi. Aksesi dengan diversitas genetik<br />tinggi dan berada pada klaster berbeda, potensial digunakan sebagai calon<br />tetua dalam program pemuliaan kelapa sawit.<br />Kata kunci: Elaeis guineensis Jacq., diversitas genetik, plasma nutfah,<br />marka SSR</p><p>ABSTRACT<br />Genetic diversity of the Indonesian oil palm collection is very low.<br />To improve their genetic variability, exploration from the oil palm center<br />of origins has been done in Kamerun. The objectives of this study were to<br />determine genetic and polymorphism level of the SSR markers Cameroon-<br />originated oil palm accessions. Genetic materials used were 49 Cameroon-<br />originated oil palm accessions collected at Sijunjung Oil Palm Germplam<br />Collection Station, West Sumatera. Genomic DNA was isolated using a<br />protocol for isolating DNA from leaves rich with latex. DNA was analyzed<br />using 20 SSR markers. A dendogram was constructed using the<br />Unweighted Pair Group Method Arithmetic (UPGMA) method through the<br />Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System software<br />(NTSYS-pc) version 2.1-pc. Results showed that the polimorfisme<br />information content (PIC) values of the SSR markers used was high, 0.80<br />(range from 0.63-0.91). The average number of the SSR alleles detected<br />was also high, 8.75 alleles (range from 4-15 alleles per SSR locus).<br />Phylogenetic analysis of the 49 oil palm accessions resulted genetic<br />diversity of 12.5-54.72% (genetic similarity of 55.28-87.50%). At genetic<br />diversity 54.72%, the 49 accessions were divided into seven clusters, each<br />consisted of 9, 28, 4, 2, 1, 2, and 3 accesions, respectively. Accessions<br />with high genetic diversity and located at different clusters may be useful<br />as parent candidates in the future oil palm breeding programs.<br />Key words: Elaeis guineensis Jacq., genetic diversity, germplasm, SSR<br />markers</p>

Diversity Analysis of 53 Soybean Accessions Introduced from China Based on Morphological Characteristics and SSR Markers

“…On the other hand, the markers Satt191, Satt194, Satt197, and Satt431, with the highest genetic diversity value of 98%, have PIC values of 0.98 (Table 6). According to Tasma and Arumsari [75], the PIC value and the number of alleles depend on the characteristics of the SSR markers and the diversity of the tested accessions. A higher PIC value indicates more informative molecular markers.…”

Genetic Distance Between 47 Accessions Of Palm Oil’s Germplasm (Elaeis guineensis Jacq.) Introduction From Cameroon Based On Morphological Character

“…Dapat disimpulkan bahwa, bila jarak genetik antar aksesi semakin jauh, maka semakin luas pula kergaman genetik antara karakter yang diamati. Bila keragaman genetik semakin luas maka semakin besar pula peluang untuk keberhasilan seleksi dalam meningkatkan frekuensi gen yang diinginkan (Basweti, 2012 (dendogram merah) terdiri dari CMR072D, CMR081D, CMR103T, CMR053D, CMR099D, CMR079D, CMR023T, CMR036D, CMR055D, CMR044D, CMR041D, CMR058D, CMR028T, CMR018D, CMR068D, CMR096D, CMR097D, CMR048D, CMR045D, CMR045D, CMR052D, CMR093D, CMR039D, CMR039D Aksesi dengan diversitas genetik tinggi dan berada pada kelompok berbeda, potensial digunakan sebagai tetua dalam program pemuliaan kelapa sawit (Tasma et al, 2013…”

Studi Pendahuluan Keanekaragaman Genetik Kelapa Sawit Asal Kamerun di PT. Binasawit Makmur

“…Kesembilan marker yang digunakan menghasilkan PIC maximum analisis menunjukkan 0.889 mEgCIR3275 dan minimum adalah 0.746 mEgCIR3281 dengan nilai rata-rata 0,824. Range nilai tersebut lebih sempit dibandingkan (Tasma & Arumsari 2013) dengan nilai PIC 0,63-0,91 dengan menggunakan 20 marka. Nilai PIC yang diperoleh pada studi awal ini juga tidak sejalan dengan c hanya berkisar 20%-73% meskipun telah mengunakan 12 marka.…”