Diagnóstico sobre o passado, presente e os rumos possíveis para o desenvolvimento territorial sustentável na região da Baía Babitonga, com abordagem de conceptualização e análise colaborativa do “Ecossistema Babitonga”, envolvendo coleta de dados primários (percepção compartilhada pelos usuários diretos -33 oficinas, 278 participantes da pesca artesanal, transporte aquaviário, mineração, aquicultura, turismo e recreação) e; dados secundários (revisão da literatura disponível sobre cinco fases da trajetória do desenvolvimento regional e caracterização socioeconômica associada aos usos diretos do ecossistema aquático costeiro-marinho adjacente). O diagnóstico perceptivo incluiu caracterização espacial dos usos da porção aquática e serviços ecossistêmicos associados, dos conflitos, impactos e problemas socioambientais enfrentados, das áreas e ações prioritárias para gestão ambiental pública, da percepção sobre bem-estar, das lacunas de representação política para uma governança com base ecossistêmica e lacunas de conhecimento. Oferecemos uma síntese do cenário tendencial de desenvolvimento e respectivas consequências que desviam a trajetória da sustentabilidade. Apresentamos caminhos alternativos para incentivar a governança policêntrica rumo à transição para a sustentabilidade, incluindo cenários de: i) implementação do Grupo Pró Babitonga (GPB); ii e iii) promoção das políticas de gerenciamento costeiro e de recursos hídricos; iv) promoção do SNUC (criação de uma APA) e; v) construção de Mecanismo Financeiro para a sustentabilidade das ações de gestão ambiental pública e desenvolvimento territorial sustentável em longo prazo. Concluímos que existe uma oportunidade social, econômica, política e científica para a promoção da policentricidade na governança costeira e do ecossistema aquático e a ancoragem do GPB em uma UC de Uso Sustentável da categoria APA.