Algoritmo para cálculo da proporção de genes idênticos por descendência, para mapear QTL em famílias de meio-irmãos

Martinez, M. L.; Vukasinovic, Natascha

doi:10.1590/s1516-35982000000200018

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“…De acordo com Martinez et al (1999), se os marcadores são totalmente informativos, a proporção de alelos IBD (p i ) compartilhados por dois irmãos completos, em determinado loco, pode ser 0, ½ ou 1, se eles compartilham zero, um ou dois alelos parentais, respectivamente. Em famílias de meios-irmãos, a proporção de alelos IBD em um loco pode somente considerar os valores 0 ou ½, desde que esses indivíduos só possuam um pai em comum.…”

Section: Estimação Da Proporção De Genes Ibd Em Famílias De Meios-irmãosunclassified

“…Como os valores de p i normalmente não são conhecidos, torna-se necessário estimá-los, obtendo-se as probabilidades condicionais sobre a proporção de IBD, a partir dos tipos de acasalamento entre os pais e os pares de genótipos resultantes. Assim, para qualquer loco do marcador e par de meios-irmãos: 2 / f a a = π em que f a é a probabilidade de que o par de irmãos tenha um alelo IBD em um loco ao acaso, condicional sobre a informação disponível para o par de irmãos e genótipos parentais (Martinez et al, 1999).…”

Section: Estimação Da Proporção De Genes Ibd Em Famílias De Meios-irmãosunclassified

“…Definindo θ 1 , θ 2 e θ 12 como as frações de recombinação entre o suposto QTL e o marcador situado à sua esquerda, entre o suposto QTL e o marcador à sua direita e entre os dois marcadores flanqueadores, respectivamente, e substituindo-se todos os valores de π por ¼, todas as variâncias (V(π i ) por 1/16 e todas as covariâncias (Cov(π i , π j ) por (1 -2θ ij ) 2 /16, e resolvendo-se a equação normal, as estimativas dos β's, segundo Martinez & Vukasinovic (2000), seriam dadas por:…”

Section: Estimação Da Proporção De Genes Ibd Em Famílias De Meios-irmãosunclassified

“…De acordo com Martinez et al (1999), para o mesmo tipo de parentesco, as proporções de genes IBD em relação ao QTL podem ser diferentes, dado que os indivíduos podem compartilhar, ou não, os mesmos alelos. Nesse caso, dois irmãos que compartilham um mesmo alelo do QTL serão geneticamente mais semelhantes do que outros dois irmãos que não compartilham nenhum.…”

Section: Introductionunclassified

“…Obviamente, como não se pode observar diretamente os alelos do QTL, essa proporção é tomada a partir dos genótipos observados dos marcadores. Martinez & Vukasinovic (2000) estenderam o procedimento proposto por Xu & Atchley (1995) para situações em que há prevalência de famílias de meias-irmãs, como em gado de leite, e mostraram que QTLs com efeitos relativamente grandes podem ser detectados com alto poder e localizados com bastante acurácia, especialmente se grande número de famílias e marcadores polimórficos são usados.…”

Section: Introductionunclassified

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Modelos aleatórios na estimação da localização de QTLs em famílias de meios-irmãos

et al. 2005

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RESUMO -O procedimento de mapeamento por intervalo baseado em modelo aleatório foi aplicado para estudar sua robustez e propriedades no mapeamento de dois QTLs, em populações constituídas de famílias de meios-irmãos. Sob o modelo aleatório, a localização e os componentes de variância foram estimados usando o método da máxima verossimilhança. A estimação dos parâmetros foi baseada na metodologia de pares de irmãos. As proporções de genes idênticos por descendência (IBD) dos QTLs foram estimadas a partir das proporções IBD de dois marcadores flanqueadores. As estimativas dos parâmetros dos QTLs (localizações e componentes de variância) e do poder de detecção, em uma característica com h 2 = 0,25, foram obtidas usando dados simulados, variando-se o número de famílias, o tamanho das famílias e a proporção da variância genética devida aos QTLs e à posição dos QTLs, localizados no mesmo intervalo, em intervalos adjacentes e não-adjacentes. Os fatores que mais influenciaram as estimativas dos parâmetros foram as proporções da variância devida aos QTLs, ao número e ao tamanho das famílias. As estimativas mais viesadas dos componentes dos QTLs e poligênico foram obtidas com a análise dos registros de somente dez famílias. Com número suficiente de famílias e de indivíduos nas famílias e altas proporções de variância genética devida aos QTLs, o modelo aleatório pode detectar QTL com alto poder, apresentando estimativas das posições com boa acurácia, se não existirem dois QTLs no mesmo intervalo. Para o mapeamento fino e estimativas apropriadas da variância dos QTLs, métodos mais sofisticados devem ser utilizados.Palavras-chave: mapeamento por intervalo, marcador genético, método dos pares de irmãos, modelo aleatório, QTL Random Model Approach for Estimation of QTL Location in Half-Sibs FamiliesABSTRACT -An interval mapping procedure based on the random model approach was applied to investigate its robustness and properties for QTL mapping in populations with prevailing half-sib structures. Under random model, QTL location and variance components were estimated using maximum likelihood procedures. The estimation of parameters was based on sib-pair approach. The proportions of genes identical-by-descent (IBD) at the two QTLs were estimated from the IBD at two flanking marker loci. Estimates for QTLs parameters (locations and variance components) and power of detection, in a trait with h 2 = 0.25, were obtained using simulated data, varying the number of families, number of half-sibs by families, proportion of QTL variance and QTLs positions. These QTLs were positioned at the same interval, at adjacent intervals and at no adjacent intervals. The most important factors influencing the estimates of QTLs parameters and power were the proportion of variance due to QTLs the number and size of the half-sibs families. The most biased variance components estimations were obtained when sample size was ten. Given a sufficient number of families and high proportions of genetic variance due to QTLs, the random model approach can detect a...

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Section: Introductionunclassified

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Modelos aleatórios na estimação da localização de QTLs em famílias de meios-irmãos

et al. 2005

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Contribution of male genitors in open-pollination progenies of sour passion fruit

et al. 2020

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Mapeamento de QTL em famílias de irmãos completos por meio de modelos aleatórios

Silva

Martinez

Torres

et al. 2004

Arq. Bras. Med. Vet. Zootec.

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RESUMOFoi realizado um estudo por meio de simulação para avaliar a eficiência e o poder dos modelos aleatórios na estimação da localização e dos componentes de variância relativos a dois QTLs presentes no mesmo cromossomo, posicionados no mesmo intervalo, em intervalos adjacentes ou não. Admitiram-se diferentes tamanhos e números de famílias de irmãos completos e variâncias dos QTLs, em característica com herdabilidade igual a 0,25. A estimação dos parâmetros foi obtida por meio do método da máxima verossimilhança, baseado no quadrado da diferença de pares de irmãos, sob mapeamento por intervalo. As proporções de genes idênticos por descendência (IBD) dos QTLs foram estimadas a partir da proporção IBD de dois marcadores flanqueadores. Os fatores que mais influenciaram as estimativas dos parâmetros foram a proporção da variância atribuída aos QTLs e o número e o tamanho das famílias. Com número suficiente de famílias e de indivíduos nas famílias e altas proporções de variância genética, o modelo aleatório pode detectar QTLs com alto poder, apresentando estimativas das posições com boa acurácia.Palavras-chave: mapeamento por intervalo, marcador genético, método dos pares de irmãos, modelo aleatório, QTL. ABSTRACT A study was carried out by simulation to evaluate the efficiency and robustness of the random model approach for estimation of the QTL location and variance components in an outbred

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Algoritmo para cálculo da proporção de genes idênticos por descendência, para mapear QTL em famílias de meio-irmãos

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