Embora sejam conhecidos os problemas éticos vivenciados por estudantes de graduação em Odontologia, o mesmo não pode ser afirmado em relação a professores. Esta pesquisa, de abordagem qualitativa, teve como objetivo compreender os problemas éticos percebidos no fazer docente. A coleta de dados ocorreu por meio de entrevistas semiestruturadas com 18 professores de três instituições de ensino superior do sul do Brasil. A Análise Temática de Conteúdo evidenciou categorias iniciais, dentro das quais alguns problemas éticos foram identificados. Estes foram então agrupados em duas grandes categorias temáticas: “problemas centrais ao fazer docente” e “problemas transversais ao fazer docente”. Os resultados revelam que os principais problemas estão relacionados a desenvolver processos avaliativos justos; ensinar e assistir à saúde com recursos limitados; integrar recursos tecnológicos sem perder a qualidade do processo ensino-aprendizagem; qualificar pedagogicamente o professor-dentista; agir para estimular interesse e comprometimento discente; formar profissionais generalistas com professores especialistas; equilibrar afeto e responsabilidade pelo processo educativo na relação interpessoal; lidar com orientações divergentes; manejar conflitos entre colegas; e enfrentar a mercantilização do ensino. Tais questões são problematizadas neste artigo, buscando instigar a reflexão docente. Em conjunto, reiteram a necessidade de se atuar intencionalmente na dimensão ética da educação superior. Sugere-se que os desafios identificados sejam tomados como objeto de deliberação entre professores - para contribuir com a sua qualificação ético-pedagógica - bem como entre professores e estudantes, favorecendo a construção da personalidade moral dos futuros profissionais.