Introdução: A relevância da discussão sobre a avaliação de tecnologias em saúde na fundamentação de políticas do SUS, dos serviços de saúde e de práticas de cuidado prestados, tem ampliado a discussão sobre a Avaliação Econômica em Saúde (AES), principalmente nas organizações hospitalares. Estudos de custos na AES são basilares no processo de alocação de recursos de forma racional e equânime, suportadas por conceitos e metodologias diversas. Objetivo: Apresentar conceitos de avaliação econômica em saúde, focando em seus objetivos e diretrizes, e uma proposta de alinhamento semântico dos construtos empregados nas diversas áreas de conhecimento que desenvolvem estudos de custos da incorporação de tecnologias hospitalares; discutir como e onde fundamentar os estudos de custos utilizados em AES; e identificar formas de suprir de informações de custos estudos de AES. Metodologia: A problematização da pesquisa envolveu pesquisa descritiva e de revisão não sistemática da literatura, utilizando método de investigação caracterizado como ensaio teórico-conceitual. Resultados: Seja qual for o tipo de estudo de avaliação econômica em saúde, a fundamentação em estudos de custos é essencial. As maiores limitações, em qualquer caso, são a disponibilidade dos dados de custos e a dificuldade na escolha de metodologias. Conclusão: A elaboração de estudos de custos é essencial no contexto da incorporação de tecnologias, da análise de mudança de perfil assistencial e na inclusão de doenças emergentes. Porém, a escolha da metodologia está contingente à disponibilização das informações de custos e ao nível gerencial de quem tomará a decisão para qual a análise econômica se dirige, sendo necessária a preocupação com a confiabilidade dos métodos empregados no estudo e a aplicabilidade dos resultados em cenários diversos. Palavras-chave: Avaliação de tecnologias em saúde; análise de custos; alocação de custos; Custos Hospitalares; Avaliação Econômica em Saúde.