Consistência do padrão de agrupamento de cultivares de milho

Filho, Alberto Cargnelutti; Guadagnin, José Paulo

doi:10.1590/s0103-84782011005000116

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“…Dentre os métodos hierárquicos para a análise de agrupamento, o UPGMA tem sido utilizado em estudos de divergência genética em milho (SUBRAMANIAN & SUBBARAMAN, 2010;IDRIS et al, 2012;SIMON et al, 2012) e, conforme CARGNELUTTI FILHO & GUADAGNIN (2011), foi considerado o método mais eficiente no agrupamento de cultivares de milho.…”

Section: Introductionunclassified

Divergência genética de milho transgênico em relação à produtividade de grãos e à qualidade nutricional

et al. 2015

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RESUMO O objetivo deste trabalho foi verificar a divergência genética entre genótipos de milho transgênico, em relação à produtividade de grãos e à qualidade nutricional. O experimento foi conduzido na safra 2009/2010, em Santa Maria, Estado do Rio Grande do Sul, no delineamento blocos casualizados, com três repetições. Foram avaliados 18 genótipos e mensuradasas seguintes variáveis após a colheita: produtividade de grãos, proteína bruta, lisina, metionina, cisteina, treonina, triptofano, valina, isoleucina, leucina, fenilalanina, histidina, arginina, extrato etéreo, amido

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Section: Introductionunclassified

Divergência genética de milho transgênico em relação à produtividade de grãos e à qualidade nutricional

et al. 2015

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“…2013 DOI: 10.1590/S0100-204X2013000600003 This measure is known as cophenetic correlation coefficient, proposed by Sokal & Rohlf (1962), and it is available in most statistical computer packages. Since then, comparisons between clustering results have been performed with the cophenetic correlation (Kopp et al, 2007;Gonçalves et al, 2008;Cargnelutti Filho et al, 2010;Cargnelutti Filho & Guadagnin, 2011). This is due to the fact that the process of construction of phenograms allows calculating a cophenetic matrix.…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

A cophenetic correlation coefficient for Tocher's method

Silva

Dias

2013

Pesq. agropec. bras.

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-The objective of this work was to propose a way of using the Tocher's method of clustering to obtain a matrix similar to the cophenetic one obtained for hierarchical methods, which would allow the calculation of a cophenetic correlation. To illustrate the obtention of the proposed cophenetic matrix, we used two dissimilarity matrices -one obtained with the generalized squared Mahalanobis distance and the other with the Euclidean distance -between 17 garlic cultivars, based on six morphological characters. Basically, the proposal for obtaining the cophenetic matrix was to use the average distances within and between clusters, after performing the clustering. A function in R language was proposed to compute the cophenetic matrix for Tocher's method. The empirical distribution of this correlation coefficient was briefly studied. For both dissimilarity measures, the values of cophenetic correlation obtained for the Tocher's method were higher than those obtained with the hierarchical methods (Ward's algorithm and average linkage -UPGMA). Comparisons between the clustering made with the agglomerative hierarchical methods and with the Tocher's method can be performed using a criterion in common: the correlation between matrices of original and cophenetic distances.Index terms: cluster analysis, optimization methods, clustering consistency. Um coeficiente de correlação cofenética para o método de TocherResumo -O objetivo deste trabalho foi propor uma forma de uso do método de Tocher para obtenção de uma matriz análoga à matriz cofenética obtida para métodos hierárquicos, o que permitiria o cálculo de uma correlação cofenética. Para ilustrar a obtenção da matriz cofenética proposta, foram utilizadas duas matrizes de dissimilaridade -uma obtida com a distância quadrada generalizada de Mahalanobis e outra com a distância euclidiana -entre dezessete cultivares de alho, com base em seis caracteres morfológicos. Basicamente, a proposta para obtenção da matriz cofenética foi a de usar, após a realização do agrupamento, as distâncias médias intra e intergrupos. Uma função em linguagem R foi proposta para computar a matriz cofenética para o método de Tocher. A distribuição empírica desse coeficiente de correlação foi estudada de forma sucinta. Para as duas medidas de dissimilaridade, os valores do coeficiente de correlação cofenética obtidos para o método de Tocher foram superiores aos obtidos com os métodos hierárquicos (algoritmo de Ward e ligação média -UPGMA). Comparações entre agrupamentos feitos com os métodos hierárquicos aglomerativos e com o método de Tocher podem ser realizadas com o uso de um critério em comum: o da correlação entre matrizes de distâncias cofenéticas e originais.Termos para indexação: análise de agrupamento, métodos de otimização, consistência do agrupamento.

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“…In horticulture, it has been common to find works using comparisons between clustering results have been performed with the cophenetic correlation. [15][16][17] Cargnelutti filho et al 16 mentioned in their study that the hierarchical grouping method UPGMA shows greater consistency of the cluster pattern when evaluating cluster of bean cultivars, obtained from the dissimilarity matrix. Santos et al 18 studied 11 intraspecific accessions of peanuts, belonging to the subspecies hypogaea and fastigiata and used the dendrogram to obtain of the genetic similarity matrix.…”

Section: Resultsmentioning

confidence: 99%

The use of multivariate statistics in breeding: discussions of common mistakes

Faria¹

2020

HIJ

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Predictive methods of genetic diversity have been widely used in recent years mainly through the use of multivariate statistical methods, since with these methods the multiple information of each cultivar is expressed in measures of dissimilarity, which represent the existing diversity in the set of analyzed accesses. However, there are several errors and mistakes that can be made in the wrong choice of one of the methods that cover multivariate analysis. Two of them are: wrong choice of the hierarchical grouping method and the error in deciding on the ideal number of groups in the final stage of cluster analysis.In this context, the main objective of this article is to discuss the main questions that occur in the analysis of the groupings obtained, suggesting some solutions.

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Consistência do padrão de agrupamento de cultivares de milho

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Divergência genética de milho transgênico em relação à produtividade de grãos e à qualidade nutricional

Divergência genética de milho transgênico em relação à produtividade de grãos e à qualidade nutricional

A cophenetic correlation coefficient for Tocher's method

The use of multivariate statistics in breeding: discussions of common mistakes

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