O objetivo do presente trabalho foi identificar os desafios e oportunidades que emergiram nos processos de pesquisa, desenvolvimento e inovação (PDI) da Embrapa Pesca e Aquicultura (EPA), com a implementação da inovação aberta (IA) a partir do marco legal brasileiro de ciência, tecnologia e inovação (MLCTI). A metodologia utilizada foi composta de análise documental, entrevista semiestruturada e análise de conteúdo por meio do software NVIVO. Foram realizadas 30 entrevistas com pessoas envolvidas diretamente no processo de IA da EPA. Os resultados apontam que, na perspectiva dos empregados da Embrapa, o processo de IA foi motivado pela escassez de recursos, o que gerou desafios para a empresa e exigiu o aperfeiçoamento de sua operacionalização. Os atores do setor produtivo indicaram a necessidade de realização de melhorias no processo de IA, para lhe conferir mais agilidade. Entre os benefícios oriundos da IA identificados, destacam-se a otimização dos processos de parceria e o alinhamento das pesquisas com as demandas do setor produtivo. O setor produtivo apontou ainda, como benefícios da IA, o acesso à equipe técnica qualificada da EPA e a credibilidade da Embrapa no mercado.