СРАВНИТЕЛЬНЫЙ АНАЛИЗ СЕКВЕНИРОВАННЫХ ОБРАЗЦОВ ВИРУСА ZAIRE EBOLAVIRUS ИЗ ГВИНЕЙСКОЙ РЕСПУБЛИКИ1 ФКУЗ «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб», Саратов, Российская Федерация; 2 Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, Москва, Российская Федерация; 3 Российская медицинская академия последипломного образования, Москва, Российская Федерация В 2013-2015 гг. в Западной Африке зарегистрирована крупнейшая в истории эпидемия лихорадки Эбола, вызванная вирусом вида Zaire ebolavirus. Из Гвинейской Республики вирус быстро распространился на соседние страны. В статье представлены результаты сравнительного анализа трех геномов Zaire ebolavirus, кДНК которых получена из клинического материала от больных лихорадкой Эбола с лабораторно подтвержденным диагнозом на территории Гвинейской Республики в 2014 г. Полученные нуклеотидные последовательности геномов позволили установить их филогенетическую близость к определенным вариантам, представленным в базе данных NCBI GenBank. Общий филогенетический анализ с использованием репрезентативной выборки показал два направления эволюционного развития генома от одного исходного предка. Первая ветвь эволюции представлена относительно небольшим числом изолятов Zaire ebolavirus, получивших распространение в Гвинее. Второе, наиболее многочисленное направление эволюции, вызвано 4 вариантами генома Zaire ebolavirus, которые первоначально начали выделяться в конце мая -начале июня 2014 г. в Сьерра-Леоне. За короткий период времени они охватили территорию Сьерра-Леоне, Гвинеи и Либерии. Ключевые слова: геном возбудителя БВВЭ, лихорадка Эбола, секвенирование, филогенетический анализ, Гвинейская Республика, Западная Африка.An unprecedented on its scale Ebola fever epidemic, caused by Zaire ebolavirus, has been registered in the territory of West Africa in 2014-2015. The virus quickly spread from the Republic of Guinea into the neighboring countries. Presented are the results of comparative analysis between three Zaire ebolavirus genomes, the complementary DNA of which was obtained from the samples from Ebola fever patients in the Republic of Guinea in 2014. The nucleotide sequences of the genomes received have allowed for identification of phylogenetic affinity to certain references, displayed in the database of NCBI GenBank. General phylogenetic analysis by means of representative sampling has revealed two trends of genome evolutionary development from one and the same ancestral form. The first branch of evolution is represented by a relatively small number of Zaire ebolavirus isolates, disseminated in Guinea. The second one, the most numerous trend, is generated by four variants of Zaire ebolavirus genome, which have been identified starting from May -early June, 2014 in Sierra-Leone, but within a short period of time they have won the whole territory of the country and the neighboring Guinea and Liberia.
третья пандемия чумы началась в китае в провинции Юньнань в 1855 г. и к концу XIX-началу XX веков охватила более 80 крупнейших морских и речных портов мира, а во многих странах проникла вглубь континентов [11]. хотя вьетнам имеет на севере границу с провинцией Юньнань в китае, все же предполагается, что во вьетнам возбудитель чумы попал морским путем с синантропными крысами. впервые чума была зарегистрирована во вьетнаме в 1898 г. в порту г. нячанга. далее происходило распространение чумы вдоль морского побережья и закрепление ее в глубинных районных страны [11, 18]. в 1943 г. возбудитель проник вглубь страны на плато тайнгуен, расположенном в центральном высокогорном районе. особенностью чумы во вьетнаме было проявление болезни в виде спорадических случаев или острых кратковременных вспышек, причем в подавляющем большинстве случаев болезнь протекала в бубонной форме. редко отмечали вторично-легочную и септическую формы. вспышки чумы во вьетнаме регистри
The level and duration of protective immunity are often analyzed qualitatively or semi-quantitatively. The same strategy is applied to the analysis of antibody dynamics. At some point in time t after exposure or immunization, the presence of immunity against the infection is inferred from the level of specific antibodies by comparing it to a reference value. This approach does not account for the stochastic nature of human disease after exposure to a pathogen. At the same time, it is not fully clear what antibody level should be considered protective. The aim of this study was to develop a mathematical model for quantitative determination of protective immunity against SARS-CoV-2 and its duration. We demonstrate that the problem of describing protective immunity in quantitative terms can be broken down into 2 interrelated problems: describing the quantitative characteristics of a pathogen’s virulence (in our case, the pathogen is SARS-CoV-2) and describing the dynamics of antibody titers in a biological organism. Below, we provide solutions for these problems and identify parameters of the model which describes such dynamics. Using the proposed model, we offer a theoretical solution to the problem of protective immunity and its duration. We also note that in order to quantitatively determine the studied parameters in a homogenous population group, it is necessary to know 5 parameters of the bivariate probability density function for correlated continuous random variables: the infective dose of the pathogen and the antibody titer at which the disease develops and which are still unknown.
В статье приведена комплексная фенотипическая и генетическая характеристика штаммов Yersinia pestis, выделенных в Забайкальском степном очаге чумы до и после смены основного носителя, произошедшей здесь в середине 60-х годов прошлого века. На основе ПЦР-анализа и мультилокусного секвенирования генов glpD, melB, napA, rhaS и iclR, кодирующих дифференциально значимые признаки-ферментацию глицерина, мелибиозы, рамнозы, продукцию изоцитратлиазы и денитрифицирующую активность, получены доказательства принадлежности изученных штаммов к античному биовару основного подвида возбудителя чумы. Для определения генетического родства этих штаммов использован мультилокусный VNTR-анализ по семи локусам вариабельных тандемных повторов: ms01, ms04, ms06, ms07, ms46, ms62. На основании полученных результатов установлено, что штаммы возбудителя чумы, изолированные в Забайкальском степном очаге в разные периоды его существования, составляют единую ветвь на филогенетическом дереве эволюции Y. pestis.
scite is a Brooklyn-based organization that helps researchers better discover and understand research articles through Smart Citations–citations that display the context of the citation and describe whether the article provides supporting or contrasting evidence. scite is used by students and researchers from around the world and is funded in part by the National Science Foundation and the National Institute on Drug Abuse of the National Institutes of Health.
hi@scite.ai
10624 S. Eastern Ave., Ste. A-614
Henderson, NV 89052, USA
Copyright © 2024 scite LLC. All rights reserved.
Made with 💙 for researchers
Part of the Research Solutions Family.