SynopsisThe lack of the positive band a t around 226 nm in the CD spectra of poly(proly1-azetidine-2-carbonyl-proline) in trifluoroethanol and of poly(azetidine-2-carbonyl-prolyl-azetidine-2-carboxylic) acid in F3EtOH and water, the hyperchromism of the absorption maximum a t about 202 nm, and the extremely small intensity of the CP-Pro, CY-Pro, and C@-Aze signals for the cis peptide bonds in the 13C nmr spectrum of poly(Pro-Aze-Pro) in FZEtOH indicate that both polyproline analogs exist as disordered chains in this solvent, the trans peptide group being maintained. The disordering of the chains is attributed to an increase in the accessible range of $ due to the reduced dimensions of the square ring of ~-azetidine-2-carboxylic acid residue relative to the pyrrolidine ring of proline and to strong interactions of the haloalcohol with the peptide groups of the chains.Significant conformational differences between polyproline and poly(azetidine-2-carboxylic acid) in water and other polar solvents were recently In water, poly(Aze) does not assume the form-I1 helix of polyproline because cis peptide bonds, randomly distributed along the chain predominantly in the trans configuration, preclude the existence of long sequences of residues in this ordered conformation.2 A tightly wound helical conformation similar to polyproline I is stabilized in EtOH-rich EtOH/water mixtures wherein favorable intra-chain interactions supplant less favorable polymer/solvent interaction. Thus, structural alterations of poly(Aze) chains relative to polyproline seem to result largely from features not simply expressible as stereochemical differences between the two residues, but also by stronger solvent interactions with the peptide groups of the backbone. To elucidate further this point we have studied the conformational properties in solution of the sequential polymers poly(Pro-Aze-Pro) (A?,. = 23,000) and poly(Aze-Pro-Aze) (A?T = 19,000), whose synthesis has been described in detail.3The common and outstanding feature of the CD spectra of these Azecontaining polymers in FBEtOH is the lack of the positive component of
ВИРТУАЛЬНЫЙ СКРИНИНГ ПИРРОЛ-СОДЕРЖАЩИХ СТРУКТУРНЫХ АНАЛОГОВ ИМАТИНИБА МЕТОДОМ МОЛЕКУЛЯРНОГО ДОКИНГА Аннотация. Ингибиторы тирозинкиназ стали общепринятым стандартом в лечении хронического миелоидного лейкоза. Однако вторичная резистентность пациентов, часто развивающаяся с течением заболевания, обуславливает необходимость поиска новых эффективных киназных ингибиторов. В данной работе с помощью программного обеспечения Autodock Vina был осуществлен молекулярный докинг комбинаторной библиотеки структур, сконструированных de novo. При этом основной подход к дизайну заключался в замене бензольного линкера в структуре иматиниба на пиррольный фрагмент. В качестве рецепторов использовались структуры киназ C-ABl, Human ABl и T315I-мутантная ABl. Подготовка лигандов проводилась средствами пакета MGl Tools. Подготовка рецепторов, определение размеров и положения активного центра фермента, анализ и визуализация результатов осуществлялись в программе Chimera 1.10. Для параметра интенсивности поиска (exhaustiveness) Autodock Vina было установлено значение 24. На основании сравнения с результатами докинга известных ингибиторов иматиниба и нилотиниба исследуемые структуры были отфильтрованы. Выбраны две наиболее перспективные структуры, для которых оценка энергии связывания Autodock Vina score составила-13,6 и-13,1 соответственно. Ключевые слова: ингибитор тирозинкиназы, иматиниб, молекулярный докинг, хронический миелоидный лейкоз, таргентная терапия Для цитирования. Фарина, А. В. Виртуальный скрининг пиррол-содержащих структурных аналогов иматиниба методом молекулярного докинга / А. В.
scite is a Brooklyn-based organization that helps researchers better discover and understand research articles through Smart Citations–citations that display the context of the citation and describe whether the article provides supporting or contrasting evidence. scite is used by students and researchers from around the world and is funded in part by the National Science Foundation and the National Institute on Drug Abuse of the National Institutes of Health.