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La anchoveta Engraulis mordax es un importante recurso pesquero. En este trabajo se evaluó la posibilidad de distinguir las poblaciones central y sureita de la anchoveta mediante sus cariotipos y su patrón de bandas C. El cariotipo de ambas poblaciones está formado por 48 cromosomas acrocéntricos y coincide con el publicado por Ohno et al. (1968) probablemente proveniente de la población central. El número cromosómico común, la totalidad de sus cromosomas de tipo unirrámeo, la concordancia en sus patrones de bandas C y la ausencia de diferencias estadísticamente significativas en las tallas cromosómicas entre ambas poblaciones, no proporcionan rasgos que puedan ser considerados distintivos de las poblaciones analizadas.