Gostaria de agradecer a Deus por sempre me presentear com uma família maravilhosa e com pessoas amigas ao meu rendor, as quais contribuíram e muito para a elaboração deste trabalho. Procurarei agradecê-las com singelas palavras. Agradeço a toda minha família pelo companheirismo, paciência e interesse em saber o andamento da minha pesquisa.À minha irmã, Renata, pela intensa atenção nos meus estudos. Ao meu sobrinho João Pedro, que mesmo com apenas três anos de idade, consegue com seu sorriso e, manhas as vezes, motivar-me a diminuir o cansaço. Ressalto meus sinceros agradecimentos a duas pessoas maravilhosas, as quais sinto muito orgulho em poder dizer: meus pais, Cláudio e Terezinha. Tenho que agradecê-los por toda dedicação nestes trinta anos. O significado de família estende por avós, tios, tias, primos e primas. Assim, agradeço a todos pela atenção no que tange o progresso conquistado. Em especial gostaria de agradecer meus primos João Gabriel e Ana Maria por compartilhar seus momentos de lazer comigo. Ao meu orientador prof. Dr. Ivan Nunes da Silva pelos ensinamentos não só em computação ou mesmo na escrita deste trabalho, mas também, nas lições de perseverança, amizade e disciplina. Aos meus amigos do LAIPS onde tive a oportunidade de vivenciar o significado da palavra equipe. Em especial, gostaria deixar registrado meus agradecimentos ao meu grande amigo Marcelo Suetake, quem ajudou não só no template deste trabalho, mas também em valiosos ensinamentos e, em hipótese nenhuma posso deixar não evidenciar o seu companheirismo. Aos meus amigos do laboratório de Física Biológica da FCFRP. Aqui gostaria de registrar os sinceros agradecimento ao Prof. Dr. Antonio Caliri por permitir não somente a realização deste trabalho em seu laboratório, mas também, da sua contribuição sobre o assunto folding de proteínas. Aos membros Ricardo, João, Flávio e Renata obrigado pela atenção, amizade e discussão dos resultados. Ao Guilherme agradeço pela contruibuição na implementação do algoritmo SN-Nerf. Um especial agradecimento ao Leandro, quem acreditou na proposta deste trabalho e, assim, contribui com críticas, sugestões, scripts e explanações acerca de proteínas. Em termos de acreditar nesta proposta, há a contribuição do Waldo Cancino Ticona. Mesmo morando na França, ele por meio do seu conhecimento do framework ParadisEO, vislumbramos o uso deste framework. Ao meu grande amigo Túlio Calixto, agradeço pela sua amizade e atenção dada no andamento deste trabalho. Aos membros da banca de qualificação desta Tese onde não só contribuíram tecnicamente, mas também, por enfatizar o significado da palavra foco. Neste sentido agradeço o prof. Dr. Alexandre Delbem pela sua contribuição na minha pesquisa desde o seu início e ao prof. Dr. Alexandre Suman de Araújo, quem por sua formação em física e computacão, pode por meio do seu "pra que", fazer-me repensar em vários aspectos deste projeto. Inclusive, simplificando o nome do framework para 3PG. A comunidade GROMACS que empregando a filosofia open-source tem-se um software queé compet...
