Evolutionary algorithm to ab initio protein structure prediction with hydrophobic interactions

Some Modeling Issues for Protein Structure Prediction Using Evolutionary Algorithms

“…The EA implementation for PSP, called ProtPred (Lima, 2007), was used to perform experiments to evaluate the effects of SAS and internal energies on the PSP. The potential energy functions are based on the CHARMm force fields of and solved by the Tinker package for molecular modeling (Ponder, 2001).…”

Koala: sistema para integração de métodos de predição e análise de estruturas de proteína

“…Foi baseado no ProtPred proposto por (LIMA et al, 2007), com alterações para trabalhar com modelos probabilísticos e outras abordagens evolutivas propostas pro Bonetti (BONETTI, 2015). A Figura 11 demostra a biblioteca disponível no ProtPred-EDA.…”

“…O Algoritmo Evolutivo Multiobjetivo com muitas tabelas (AEMMT)(em inglês Multiobjective Evolutionary Algoritmo with many tables (MEAMT)) é um sistema aplicado ao PSP desenvolvido no ICMC-USP usando como base o ProtPred proposto por (LIMA et al, 2007), e foi adaptado para a utilização no problema de predição de proteínas com uma abordagem diferente, usando a técnica de algoritmo evolutivos multiobjetivo baseado em tabelas (AEMT), no qual os objetivos são representados por subpopulações como tabelas, além de tabelas de ponderação entre os objetivos (BRASIL, 2012). A Figura 13 mostra o fluxograma de execução do AEMMT.…”

Algoritmo evolutivo de muitos objetivos para predição ab initio de estrutura de proteínas

“…No contexto de PSP puramente ab initio, um conjunto de trabalhos tem mostrado que Algoritmos Evolutivos Multiobjetivos (AEMOs) podem contribuir significativamente [79,81,80,120,122,123,121,72,71,29,28,25,27,7,18,26]. A otimização multiobjetivo mostra que, além do espaço de busca (todas as combinações de valores possíveis das variáveis de um problema), há o espaço das funções objetivo.…”

“…Este trabalho busca avançar em relação ao projeto de um AEMO que gerou o método ProtPred [120,122,123,121,72,71,29,28,25,27,7,18,26]. O ProtPred, inclui uma abordagem mono-objetivo (mono-ProPred) e outra multi-objetiva (NSGA-ProtPred) baseada no AEMO denominado NSGA-II [122] (do inglês, Non-dominated Sorting Genetic Algorithm).…”