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The sequences of all different RNA transcripts present in a cell or tissue that are related to the gene expression and its functional control represent what it is called a transcriptome. The transcripts vary between cells, tissues, ontogenetic and environmental conditions, and the knowledge that can be gained through them is of a solid relevance for genetic applications in aquaculture. Some of the techniques used in transcriptome studies, such as microarrays, are being replaced for next-generation sequencing approaches. RNA-seq emerges as a new possibility for the transcriptome complexity analysis as well as for the candidate genes and polymorphisms identification of penaeid species. Thus, it may also help to understand the determination of complex traits mechanisms and genetic improvement of stocks. In this review, it is first introduced an overview of transcriptome analysis by RNA-seq, followed by a discussion of how this approach may be applied in genetic progress within penaeid stocks.

Human activities have a considerable impact on hydrographic systems and fish fauna. The present review on conservation genetics of neotropical freshwater fish reveals that DNA analyses have been promoting increased knowledge on the genetic structure of fish species and their response to environmental changes. This knowledge is fundamental to the management of wild fish populations and the establishment of Evolutionary Significant Units capable of conserving genetic integrity. While population structuring can occur even in long-distance migratory fish, isolated populations can show reduced genetic variation and be at greater risk of extinction. Phylogeography and phylogeny have been powerful tools in understanding the evolution of fish populations, species and communities in distinct neotropic environments. Captive fish can be used to introduce new individuals and genes into the wild and their benefits and disadvantages can be monitored through genetic analysis. Understanding how fish biodiversity in neotropical freshwaters is generated and maintained is highly important, as these habitats are transformed by human development and fish communities are increasingly exploited as food sources to sustain a growing human population.Keywords: molecular genetics, fish population, biology conservation. Contribuição da Genética da Conservação para o conhecimento da biodiversidade dos peixes de água doce neotropicais ResumoAtividades humanas têm um grande impacto sobre os sistemas hidrográficos e a fauna de peixes. A presente revisão em genética da conservação dos peixes de água doce neotropicais revela que as análises de DNA têm promovido um crescimento no conhecimento da estrutura genética das espécies e suas respostas às alterações ambientais. Este conhecimento é fundamental para o manejo das populações de peixes nativos e para o estabelecimento de Unidades Evolutivas Significantes capazes de conservar a integridade genética dessas populações. Enquanto o fenômeno de estruturação de populações pode ocorrer mesmo em peixes migradores de longas distâncias, populações isoladas podem mostrar reduzida variação genética e apresentar grande risco de extinção. Em adição, a filogeografia e a filogenia têm dado importantes contribuições para o entendimento da evolução das populações, espécies e comunidades de peixes em distintos ambientes neotropicais. Populações de cativeiro podem ser utilizadas como fonte de introdução de novos indivíduos e genes no ambiente natural e seus benefícios e desvantagens podem ser monitorados por meio de análises genéticas. É altamente importante, portanto, entender como é gerada e mantida a biodiversidade de peixes de água doce neotropicais, uma vez que os habitats são transformados pelo desenvolvimento humano e as comunidades de peixes têm sido intensamente exploradas como alimento de sustentação desse crescimento das populações humanas.Palavras-chave: genética molecular, populações de peixes, conservação biológica.