Cancer genomics has been instrumental to determine the genetic alterations that are predictive of various tumor conditions. However, the majority of these alterations occur at low frequencies, motivating the need to expand the catalogue of cancer signatures. Alternative pre-mRNA splicing alterations, which bear major importance for the understanding of cancer, have not been exhaustively studied yet in the context of recent cancer genome projects. In this article we analyze RNA sequencing data for more than 4000 samples from The Cancer Genome Atlas (TCGA) project, including paired normal samples, to detect recurrent alternative splicing isoform switches in 9 different cancer types. We first investigate whether alternative splicing isoform changes are predictive of tumors by applying a rank-based algorithm based on the reversal of the relative expression of transcript isoforms. We find that consistent alternative splicing isoform changes can separate with high accuracy tumor and normal samples, as well as some cancer subtypes. We then searched for those changes that occur in the most abundant isoform, i.e isoform switches, and are therefore more likely to have a functional impact. In total we detected 244 isoform switches, which are associated to functional pathways that are frequently altered in cancer and also separate tumor and normal samples accurately. We further assessed whether these isoform changes are associated to somatic mutations. Surprisingly, only a few cases appear to have association, including the putative tumor suppressor FBLN2 and the tumor driver MYH11, which show association of an isoform switch to mutations and indels on the alternatively spliced exon. However, the number of observed mutations is in general not sufficient to explain the frequency of the found isoform switches, suggesting that recurrent isoform switching in cancer is mostly independent of somatic mutations. In summary, we present an effective approach to detect novel alternative splicing signatures that are predictive of tumors. Moreover, the same methodology has led to uncover recurrent isoform switches in tumors, which may provide novel prognostic and therapeutic targets. Software and data are available at: https://bitbucket.org/regulatorygenomicsupf/isoktsp and http://dx.doi.org/10.6084/m9.figshare.1061917 PRAD Prostate adenocarcinoma 48 247 https://tcga-data.nci.nih.gov/ THCA Thyroid carcinoma 58 439 https://tcga-data.nci.nih.gov/
Finansowanie transakcji wykupu menedżerskiego w warunkach polskich i międzynarodowych 1 Streszczenie: transakcje typu wykupu menedżerskiego MBO (Management Buy Out), czyli takie, w których osoby kierujące spółką uczestniczą w transakcji kapitałowej sprzedaży zarządzanej przez siebie spółki po stronie nabywających, zajmują obecnie istotne miejsce na rynku kapitałowym i finansowym w krajach Europy Zachodniej, choć ich rozwój datuje się praktycznie dopiero od połowy lat 80. XX wieku.Jednakże, o ile na rynku powstały określone podmioty do obsługi takich transakcji, to menedżerowie, którzy zamierzali je zrealizować, byli praktycznie osamotnieni w zdobywaniu wiedzy. Do tej pory trudno jest odnaleźć w polskiej literaturze naukowej informacji w tym zakresie.Tym samym, praca badawcza o zarządzaniu procesem wykupu menedżer-skiego, która obejmie tematykę podejścia metodycznego do realizacji wykupu menedżerskiego z punktu widzenia menedżera, powinna być wyjściem naprzeciw oczekiwaniom.Niniejsze opracowanie ma na celu zaprezentowanie: typów finansowania transakcji wykupu menedżerskiego; podmiotów, które mogą być finansowane w procesie; instrumentów wykorzystywanych w finansowaniu wykupów menedżerskich. Niniejszy artykuł stanowi część tematyki związanej z opracowaniem procedury realizacji wykupu menedżerskiego z punktu widzenia menedżera.Słowa kluczowe: menedżer, grupa menedżerska, partner kapitałowy, fundusz inwestycyjny, wykup menedżerski. WprowadzenieWykup menedżerski (management buy-out) jest to transakcja, w wyniku której osoby zarządzające spółką (grupa menedżerska, zarząd), samodzielnie lub przy współudziale partnera kapitałowego, którym jest Katedra Zarządzania,Wydział Zarządzania, Uniwersytet Łódzki. 1 Artykuł powstawał w oparciu o własne doświadczenia i obserwację uczestniczącą. 232Michał Zawisza zazwyczaj fundusz private equity, stają się właścicielami lub współwła-ścicielami zarządzanej przez siebie spółki.Przywoływane w definicji zmiany własności spółki kapitałowej, naturalnie umiejscawia wykupy menedżerskie na rynku fuzji i przejęć. Jednocześnie między innymi z uwagi na: rodzaj transakcji, ilość podmiotów (stron) biorących w niej udział, czy skalę powiązań pomiędzy nimi, wykupy menedżerskie należą do jednych z najbardziej złożonych transakcji występujących na rynku kapitałowym.Złożoność transakcji wynika z ilości podmiotów zaangażowanych w proces lub będących jego przedmiotem (maksymalnie jest ich 7) oraz szczególnych relacji jakie tworzą się pomiędzy tymi podmiotami (można opisać również 7 zależności).Do podmiotów, które występują przy realizacji transakcji wykupu menedżerskiego należy zaliczyć:1. Grupę Menedżerską -osoby, które są inicjatorami projektu wykupu menedżerskiego. 2. Partnera Kapitałowego -podmiot, który staje się współinwesto-rem z grupą menedżerską przy realizacji transakcji wykupu z uwagi na ograniczone zasoby kapitałowe grupy menedżerskiej. 3. Spółkę Inwestycyjną -podmiot nabywający, zazwyczaj nowoutworzona spółka, która powołana została w celu zgromadzenia środków finansowych na realiza...
scite is a Brooklyn-based organization that helps researchers better discover and understand research articles through Smart Citations–citations that display the context of the citation and describe whether the article provides supporting or contrasting evidence. scite is used by students and researchers from around the world and is funded in part by the National Science Foundation and the National Institute on Drug Abuse of the National Institutes of Health.
hi@scite.ai
10624 S. Eastern Ave., Ste. A-614
Henderson, NV 89052, USA
Copyright © 2024 scite LLC. All rights reserved.
Made with 💙 for researchers
Part of the Research Solutions Family.