In 2015, two new species related to the Staphylococcus aureus were proposed. We describe five isolates of the new species Staphylococcus argenteus cultured from human cases of bacteremia and skin and soft tissue infections. This is the first report of S. argenteus , from South America, causing community-acquired and nosocomial infections.
We had developed a MALDI-TOF mass spectrometry method for detection of SARS-CoV-2 virus in saliva-gargle samples using Shimadzu MALDI-TOF mass spectrometers in the UK. This was validated in the USA to CLIA-LDT standards for asymptomatic infection detection remotely via sharing protocols, shipping key reagents, video conference and data exchange. In Brazil, more so than in the UK and USA, there is a need to develop non-PCR dependent rapid affordable SARS-CoV-2 infection screening tests, which also identify variant SARS-CoV-2 and other virus infections. Travel restrictions necessitated remote collaboration with validation on the available Clinical MALDI-TOF - the Bruker Biotyper (microflex LT/SH) - and on nasopharyngeal swab samples, as salivary gargle samples were not available. The Bruker Biotyper was shown to be almost log10^3 more sensitive at detection of high molecular weight spike proteins. A protocol for saline swab soaks out was developed and duplicate swab samples collected in Brazil were analysed by MALDI-TOF MS. The swab collected sample spectra varied from that of gargle-saliva in three additional mass peaks in the mass region expected for IgG heavy chains and human serum albumin. A subset of clinical samples with additional high mass, probably Spike-related proteins, were also found. Spectral data comparisons and analysis, subjected to machine learning algorithms in order to resolve RT-qPCR positive from RT-qPCR negative swab samples, showed a 78% agreement with RT-qPCR scoring for SARS-CoV-2 infection.
We developed a MALDI-TOF mass spectrometry method for the detection of the SARS-CoV-2 virus in saliva-gargle samples using Shimadzu MALDI-TOF mass spectrometers in the UK. This was validated in the USA to CLIA-LDT standards for asymptomatic infection detection remotely via sharing protocols, shipping key reagents, video conferencing, and data exchange. In Brazil, more so than in the UK and USA, there is a need to develop non-PCR-dependent, rapid, and affordable SARS-CoV-2 infection screening tests that also identify variant SARS-CoV-2 and other virus infections. In addition, travel restrictions necessitated remote collaboration with validation on the available clinical MALDI-TOF—the Bruker Biotyper (microflex® LT/SH)—and on nasopharyngeal swab samples, as salivary gargle samples were not available. The Bruker Biotyper was shown to be almost log103 more sensitive at the detection of high molecular weight spike proteins. A protocol for saline swab soaks out was developed, and duplicate swab samples collected in Brazil were analyzed by MALDI-TOF MS. The swab collected sample spectra that varied from that of saliva-gargle in three additional mass peaks in the mass region expected for IgG heavy chains and human serum albumin. A subset of clinical samples with additional high mass, probably spike-related proteins, were also found. Further, spectral data comparisons and analysis, subjected to machine learning algorithms in order to resolve RT-qPCR positive from RT-qPCR negative swab samples, showed 56–62% sensitivity, 87–91% specificity, and a 78% agreement with RT-qPCR scoring for SARS-CoV-2 infection.
Introdução A replicação do SARS-CoV-2 é feita pela RNA-polimerase, uma enzima que pode introduzir mutações ao acaso, que podem ser neutras, deletérias ou benéficas ao vírus. Devido ao alto custo do sequenciamento genômico, a utilização de genotipagem por RT-PCR torna-se um método rápido de rastreamento de variantes de preocupação. Métodos Amostras positivas por RT-PCR para o gene N1/N2 do SARS-CoV-2 com CTs < 25 foram retestadas para a presença de mutações chaves de cada variante. Para demonstrar a evolução temporal das variantes, as amostras foram divididas em 7 grupos correspondente a 7 semanas. Foi utilizada RT-PCR com sondas TaqMan LNA específicas para determinadas mutações, em formato multiplex ou individuais: α69/70 (variante alfa); K417; K417T (P.1, gama) e T478K (delta). Os dados foram analisados pelo teste de Qui quadrado de Pearson (χ2). Para as análises estatísticas, utilizou-se o software SPSS para Windows, versão 25.0.0.0. Resultados Foram analisadas 627 amostras, no período de 27/8 à 08/9 de 2021, com 47, 119, 126, 92, 106, 51 e 95 amostras em cada semana, respectivamente. A RT-PCR para variantes alfa, K417 e P.1 demonstrou a presença de P.1, respectivamente, em 31(66%), 58(49%), 49(39%), 19(21%), 11(10%), 0(0%) e 3(3,1%) amostras, sendo que não foi detectada a presença da variante alfa e beta (K417N). Após análise de uma amostragem de cada semana, para avaliar a presença da variante delta (excluídas as amostras positivas para P.1), foram testadas 10, 19, 25, 22, 36, 36, 60 amostras, onde 80%, 95%, 92%, 95%, 50%, 88% e 95% tiveram a confirmação para delta, não sendo detectada a mutação K417N nestas amostras, excluindo a presença de delta plus. O teste χ2 mostrou que existe uma associação que difere as amostras com mutação 417 e sem mutação 417, tendo como valor de p < 0,001, com valor de grau de associação de V de cramer de 47,3%. Os resíduos ajustáveis demonstraram que nas semanas 1, 2, 3 e 4 havia mais amostras P.1, diminuindo nas semanas seguintes com aumento proporcional da variante delta. Discussão A RT-PCR descrita em tempo real demonstrou, em nossa área de atuação, a substituição gradativa da variante P.1 pela variante delta que, desde a semana 1, já estava presente em quantidade notável. A RT-PCR para mutações chaves de cada variante é um método custo-efetivo, rápido e eficaz para rastreamento, permitindo analisar grande quantidade de amostras, e melhor direcionar as que necessitam confirmação por sequenciamento completo.
Introdução A COVID-19 é uma infecção causada pelo SARS-CoV-2 um vírus altamente patogênico e de grande facilidade de adaptação a novos hospedeiros, possivelmente por sua alta taxa de recombinação viral, que traz desde sintomas leves como tosse seca, febre, diarreia, perda de olfato e paladar, até sintomas mais graves como dificuldade para respirar, dor ou pressão no peito, e muitas vezes levando ao óbito. Com o seu advento, e aumento de forma exponencial, se viu a necessidade de cada vez mais se obter testes de triagem e de diagnóstico com mais rapidez. Se sabe que a SARS-CoV-2 é um vírus RNA, da família Coronaviridae, e que a RT-qPCR é o método padrão-ouro no seu diagnóstico, possuindo alta sensibilidade, porém requer procedimentos mais onerosos e complexos. Como alternativa tem se investigado a utilização da amplificação isotérmica mediada por loop(LAMP), que além de baixo custo, faz uso de procedimentos mais simples. Metodologia Para a análise foi realizado um estudo transversal descritivo, sendo testadas 253 amostras de nasofaringe, de resultados já conhecidos para RT-qPCR, através da metodologia RT-LAMP colorimétrico que possui tempo de incubação em banho-maria a seco de 45min, e resultado lido através da alteração de cor na reação. Para avaliação dos resultados foram utilizados dados de especificidade, sensibilidade, VPP (valor preditivo positivo) e VPN (valor preditivo negativo). Resultados Os resultados obtidos foram divididos em 3 grupos, no 1° foram consideradas as amostras com carga viral alta, CT abaixo de 29, que respectivamente apresentaram sensibilidade, especificidade, VPP e VPN de 83%, 100%, 100% e 96%, no 2° se tem amostras de carga viral baixa, CT acima de 30, onde foram obtidos os resultados de 30%, 100%, 100% e 96%, e no 3° foram avaliadas todas as amostras, no qual foram obtidos os resultados de 75%, 100%, 100% e 93%, onde 198 amostras eram verdadeiro-negativo, 41 verdadeiro-positivo, nenhum falso-positivo e 14 amostras falso-negativo. Conclusão Em concordância com artigos já publicados foi possível verificar que o método possui sensibilidade de 75%, com uma acurácia de 94%, mostrando ser viável o seu uso na detecção do vírus, principalmente em ambientes com poucos recursos, diferente do método padrão-ouro utilizado.
scite is a Brooklyn-based organization that helps researchers better discover and understand research articles through Smart Citations–citations that display the context of the citation and describe whether the article provides supporting or contrasting evidence. scite is used by students and researchers from around the world and is funded in part by the National Science Foundation and the National Institute on Drug Abuse of the National Institutes of Health.
hi@scite.ai
10624 S. Eastern Ave., Ste. A-614
Henderson, NV 89052, USA
Copyright © 2024 scite LLC. All rights reserved.
Made with 💙 for researchers
Part of the Research Solutions Family.