Brazilian Nellore cattle (Bos indicus) have been selected for growth traits for over more than four decades. In recent years, reproductive and meat quality traits have become more important because of increasing consumption, exports and consumer demand. The identification of genome regions altered by artificial selection can potentially permit a better understanding of the biology of specific phenotypes that are useful for the development of tools designed to increase selection efficiency. Therefore, the aims of this study were to detect evidence of recent selection signatures in Nellore cattle using extended haplotype homozygosity methodology and BovineHD marker genotypes (>777,000 single nucleotide polymorphisms) as well as to identify corresponding genes underlying these signals. Thirty-one significant regions (P < 0.0001) of possible recent selection signatures were detected, and 19 of these overlapped quantitative trait loci related to reproductive traits, growth, feed efficiency, meat quality, fatty acid profiles and immunity. In addition, 545 genes were identified in regions harboring selection signatures. Within this group, 58 genes were associated with growth, muscle and adipose tissue metabolism, reproductive traits or the immune system. Using relative extended haplotype homozygosity to analyze high-density single nucleotide polymorphism marker data allowed for the identification of regions potentially under artificial selection pressure in the Nellore genome, which might be used to better understand autozygosity and the effects of selection on the Nellore genome.

RESUMODados de peso de animais da raça Nelore de 90 a 450 dias de idade das regiões Sudeste (SE) e Centro-Oeste (CO) do Brasil foram utilizados para comparar estruturas de (co)variância de efeitos aleatórios em função de idade estimadas para as duas regiões por meio de modelos de regressão aleatória. Componentes de (co)variância referentes aos coeficientes de regressão aleatória foram estimados por EMREML por meio do programa REMLF90. Os efeitos fixos de grupo contemporâneo e os efeitos aleatórios genético aditivo direto, genético aditivo materno e permanente de ambiente foram modelados por polinômios quadráticos de Legendre. As comparações envolveram estruturas de covariância e de correlação dos efeitos aleatórios, herdabilidades direta e materna e a razão entre variâncias genéticas de diferentes regiões. As herdabilidades e estruturas de covariância e de correlação apresentaram comportamento semelhante nas duas regiões. A variância residual e as variâncias de efeito permanente de ambiente foram menores no CO, bem como a variância genética aditiva materna dos 150 aos 400 dias de idade. Trajetórias dos efeitos fixos em função de idade de diferentes grupos contemporâneos apresentaram diferentes formas, sugerindo a necessidade de estimar um conjunto de coeficientes de regressão específico para cada grupo contemporâneo. A variância do efeito genético aditivo materno apresentou maior heterogeneidade entre regiões do que a variância genética aditiva direta. Palavras

RESUMOCom o objetivo de avaliar matrizes da raça Nelore (NE) e cruzadas ½ Angus + ½ Nelore (AN), ½ Caracu + ½ Nelore (CN) e ½ Senepol + ½ Caracu (SC) quanto à precocidade sexual em sistemas de recria a pasto, eficiência reprodutiva e desempenho produtivo das matrizes em cada grupo genético (GG), matrizes desses grupos foram produzidas por três safras. Foram avaliadas 40 matrizes AN, 37 CN, 51 NE e 43 SC. Para prenhez precoce, matrizes AN apresentaram taxa de prenhez de 92,2% contra 29,1% para CN, 22,6% para SC e 1,1% para NE. Na prenhez convencional, matrizes AN obtiveram 99,4%, 98,8% para CN, 84,4% para SC e 80,0% para NE. A reconcepção das matrizes AN foi 86,3%, 75,1% de CN, 49,6% de NE e 43,6% de SC. Matrizes AN tiveram menor média de idade ao primeiro parto em meses, 26,36±0,79, contra 31,33±0,86 para CN, 33,51±0,98 para SC e 38,08±0,74 para NE. Para peso ao desmame, crias three-cross das AN pesaram mais que as F1 das NE, por volta de 19%. Para relação de peso ao desmame, não houve diferenças estatísticas entre GG. Matrizes AN foram superiores às demais nos aspectos reprodutivos e produtivos, seguidas das matrizes CN.Palavras-chave: puberdade, idade ao primeiro parto, fertilidade, relação de desmame 40 AN, 37 CN, 51 NE and 43 SC cows ABSTRACT With the aim of evaluating Nelore (NE), ½ Angus + ½ Nelore (AN), ½ Caracu + ½ Nelore (CN), and ½ Senepol + ½ Caracu (SC) females for sexual precocity on pasture backgrounding, reproductive efficiency and productive performance of cows and their calves of each genetic group (GG), animals of these groups were produced for three years. A total of