Streszczenie. Rdza brunatna wywoływana przez Puccinia triticina przyczynia się do zmniejszenia plonu pszenicy na świecie. Opracowanie technologii sekwencjonowania następnej generacji (NGS) pozwala na skanowanie genotypów. Wybrane markery zasocjowane z cechami istotnymi rolniczo mogą być wykorzystane do selekcji genomowej. W prezentowanych badaniach 94 haplotypy zostały scharakteryzowane po względem 4599 markerów typu polimorfizm pojedynczy nukleotydu (SNP), reprezentujących dane DArTseq. Dane te były poddane analizie asocjacyjnej z rdzą brunatną w stadium rośliny dojrzałej przez trzy lata w trzech lokalizacjach. W celu identyfikacji asocjacji pomiędzy haplotypami a powierzchnią pod krzywą rozwoju choroby (AUDPC) i końcową oceną rdzy brunatnej (FLR) zastosowano mieszany model liniowy (MLM). Zidentyfikowano 13 markerów, które wyjaśniały 6,2-14,6% zmienności w AUDPC. Markery te reprezentowały pojedyncze loci rozmieszczone na chromosomach 1A, 2A, 2B, 3D, 4A, 6B i 7B. Markery zasocjowane z FLR wyjaśniały 8,5-21,0% zmienności. W przypadku FLR 20 markerów zasocjowanych ze zmienności fenotypową było rozmieszczonych na 10 chromosomach pszenicy. Chromosomy 2B, 3B i 5B były reprezentowane przez serie markerów. Scharakteryzowane genotypy mogą być krzyżowane w celu nagromadzenia markerów zasocjowanych ze zwiększeniem odporności na rdzę brunatną. Opcjonalnie, w celu precyzyjnej lokalizacji efektów stwierdzonych w badaniach asocjacyjnych, w odniesieniu do wcześniej zidentyfikowanych genów można testować dodatkowo populacje mapujące. Proponowane markery mogą być bezpośrednio wykorzystane w selekcji genomowej w celu zwiększenia odporności na rdzę brunatną w nowych odmianach pszenicy.