Este trabalho apresenta uma pesquisa que foi desenvolvida em uma Universidade da região Sul do Brasil, envolvendo 35 estudantes de Engenharia na disciplina de Física Ondas e Eletromagnetismo. Tem como objetivo perceber indícios de metacognição durante a realização de atividades que envolvem simulações virtuais e avaliar se estas têm potencial para contribuir na aprendizagem dos estudantes sobre o tema eletromagnetismo. Para tal, foram aplicados roteiros-guias de atividades, com características investigativas e metacognitivas elaborados pelos pesquisadores. A pesquisa é de cunho qualitativo e a coleta de dados foi por meio de questões abertas, presentes no roteiro-guia, diário de campo, observação direta durante a realização das atividades e gravações de áudio. A análise de dados ocorreu a partir da relação entre dados coletados e o referencial da metacognição e de simulações computacionais no ensino de física. Como resultados, percebe-se que a integração entre a abordagem metacognitiva e as simulações computacionais potencializa a compreensão dos conteúdos, assim como, a autonomia e regulação desse processo. Nesse sentido, são recursos didáticos potentes a serem utilizados na área do ensino de Física, contribuindo com o desenvolvimento e aperfeiçoamento dessa área.