No abstract

ÖZETHepatit C virusu (HCV) kronik hepatitlerin en önemli nedenlerinden biridir. HCV'ye bağlı kronik hepatitlerin seyrinde ve tedavinin planlanmasında HCV genotipleri önem taşımaktadır. Bu çalışmada, Akdeniz Üniversitesi Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarında yapılan HCV genotiplendirilmesine ait sonuçların retrospektif olarak değerlendirilmesi ve son beş yıl içinde genotip dağılımındaki değişimin incelenmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya, 2009-2013 yılları arasında laboratuvarımıza HCV genotip tayini için gönderilen, HCV-RNA pozitif kronik hepatit C'li 422 hastaya (219 erkek, 203 kadın; yaş aralığı: 8-79 yıl, yaş ortalaması 46.3 ± 15.5 yıl) ait kan örnekleri dahil edilmiştir. Genotiplendirme için, plazma örneklerinden HCV-RNA ekstraksiyonu otomatize sistem (EZ1 Virus Mini Kit v2.0, Qiagen, Almanya) ile yapılmış ve ters hibridizasyon esaslı ticari bir "line prob assay" (LIPA; GEN-C RT-PCR, İtalya) yöntemi uygulanmıştır. Viral yük tayini için ise, HCV-RNA düzeyleri gerçek zamanlı PCR yöntemi (Cobas TaqMan HCV, Roche Diagnostics, Almanya) ile araştırılmıştır. Hastaların demografik verileri, hastane elektronik bilgi sisteminden ve hasta dosyalarından elde edilmiştir. Hastaların %63.3 (n= 267)'ünde genotip 1b, %14.7 (n= 62)'sinde genotip 1a, %11.1 (n= 47)'inde genotip 3a, %0.9 (n= 4)'unda genotip 2b ve %0.2 (n= 1)'sinde genotip 4e saptanmış; 1 hastada (%0.2) ise genotip 1 ve 4 birlikteliği izlenmiştir. Genotip 1, 2 ve 4 ile enfekte hastaların sırasıyla; %5.4 (n= 23), %2.6 (n= 11) ve %1.4 (n= 6)'ünde alt tip tayini yapılamamıştır. Kırk hastanın yabancı uyruklu olduğu (Rusya'dan 16; Ukrayna ve Gürcistan'dan

EBV DNA monitoring by PCR in high-risk pediatric renal transplant recipients will provide early diagnosis and treatment of EBV infections.

An increase in the prevalence of tuberculosis (TB) in recent years has accelerated the search for novel tools for the rapid diagnosis of TB infection. This study evaluated the GenoType Mycobacteria Direct (GTMD) assay (Hain Lifescience) for direct detection of the Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) from sputum samples and compared it with conventional methods. The GTMD test is a commercial assay produced using strip techniques and works based on a nucleic acid sequence-based amplification technique. This test allows 23S rRNA amplificationbased detection of MTBC, Mycobacterium avium, Mycobacterium intracellulare, Mycobacterium kansasii and Mycobacterium malmoense directly from decontaminated clinical samples within 6 h. In the present study, 115 sputum samples were processed to detect acid-fast bacilli (AFB) using two microscopy methods (carbol fuchsin and fluorescent staining), two culture methods [Lö wenstein-Jensen (LJ) and BACTEC 12B media] and the GTMD test. The results showed that 86 of the samples were positive by direct microscopy, 84 were positive by BACTEC 12B culture, 73 were positive by LJ culture and 95 were positive by the GTMD test. All of the isolates turned out to be MTBC. Moreover, the sensitivity and specificity of the GTMD test for MTBC in patients were 97 and 58 %, respectively, taking the culture combination as the gold standard. When the test was compared with culture of samples from anti-TB-treated patients, the sensitivity and specificity for the test were 100 and 15 %, respectively. Low specificity in treated people might arise from depressed proliferation of AFB. As the two methods target the same living bacilli, the difference is obviously notable. When the culture results and clinical findings of the patients were evaluated together (true-positive specimens), the sensitivity and specificity values of the GTMD test for all patients were 97 and 90 %, respectively. However, both of these values increased to 100 % for the patients receiving anti-TB treatment. These results implied that, to determine whether the patient's sputum contains living AFB, more sensitive techniques should be employed during the follow-up of the patients. These observations suggest that the GTMD method can be useful for early diagnosis of clinically and radiologically suspicious TB cases where smears are negative for Mycobacterium. In addition, the use of a GTMD test in smear-positive cases is helpful and practical in order to identify MTBC quickly. This allows more rapid treatment decisions and infection control precautions.

ÖZETAdenoviruslar tüm dünyada epidemik, endemik veya sporadik olarak yıl boyunca ve her yaşta görü-lebilen akut solunum yolu enfeksiyonlarına yol açmaktadır. Adenovirus enfeksiyonları alt solunum yollarına ilerleyerek, bronşit, bronşiyolit ve pnömoni tablolarına da sebep olmaktadır. Bu çalışmada alt solunum yolu enfeksiyonu (ASYE) olan çocuklarda etken olarak adenovirusların hücre kültürü, polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ve direkt floresan antikor testi (DFA) yöntemleriyle araştırılması ve sonuçların hastaların klinik bulgularıyla birlikte değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya, Ocak 2011-Nisan 2012 tarihleri arasında hastanemize başvuran ve ASYE tanısı konulan 0-5 yaş arasındaki 206 hasta alınmıştır. Hastaların klinik, radyolojik ve laboratuvar bulguları kaydedilmiştir. Tüm hastalardan nazofarengeal sürüntü ör-nekleri flocked eküvyon ile alınarak, shell-vial hücre kültürü, gerçek zamanlı PCR ve DFA testi ile adenovirus varlığı araştırılmıştır. Örneklerin %89.3'ü Ocak, Şubat ve Mart aylarında alınmış olup, %38'inde eşlik eden kromozomal anomali, konjenital kalp hastalığı, kalp yetmezliği, astım, kistik fibrozis, lösemi, böb-rek yetmezliği ve prematürite gibi bir veya birden fazla kronik hastalık bulunmaktadır. Örneklerin 12 (%5.8)'sinde PCR ile, 7 (%3.4)'sinde hücre kültürü ile adenovirus pozitifliği saptanmıştır. Yedi (%3.4) ör-nek hem hücre kültürü hem de PCR ile pozitifken, 194 (%94.2) örnek her iki testle de negatif bulunmuş-tur. PCR ile pozitif bulunan beş örnek hücre kültüründe ürememiştir. DFA testi ile incelenen 153 örnek-ten 12'si hücre miktarı yetersiz olduğundan değerlendirilememiş, geri kalan örneklerin %2.8 (4/141)'inde adenovirus antijenleri saptanmıştır. Bu örnekler diğer iki testle de pozitif bulunan örneklerdir. Hücre