Coffee is one of the most valuable agricultural commodities and ranks second on international trade exchanges. The genus Coffea belongs to the Rubiaceae family which includes other important plants. The genus contains about 100 species but commercial production is based only on two species, Coffea arabica and Coffea canephora that represent about 70 % and 30 % of the total coffee market, respectively. The Brazilian Coffee Genome Project was designed with the objective of making modern genomics resources available to the coffee scientific community, working on different aspects of the coffee production chain. We have single-pass sequenced a total of 214,964 randomly picked clones from 37 cDNA libraries of C. arabica, C. canephora and C. racemosa, representing specific stages of cells and plant development that after trimming resulted in 130,792, 12,381 and 10,566 sequences for each species, respectively. The ESTs clustered into 17,982 clusters and 32,155 singletons. Blast analysis of these sequences revealed that 22 % had no significant matches to sequences in the National Center for Biotechnology Information database (of known or unknown function). The generated coffee EST database resulted in the identification of close to 33,000 different unigenes. Annotated sequencing results have been stored in an online database at http: //www.lge.ibi.unicamp.br/cafe. Resources developed in this project provide genetic and genomic tools that may hold the key to the sustainability, competitiveness and future viability of the coffee industry in local and international markets. Key words: Coffea, cDNA, EST, transcriptome.Projeto Genoma Brasileiro Café: recursos genômicos baseados em ESTs: O café é um dos principais produtos agrícolas, sendo considerado o segundo item em importância do comércio internacional de "commodities". O gênero Coffea pertence à família Rubiaceae que também inclui outras plantas importantes. Este gênero contém aproximadamente 100 espécies, mas a produção comercial é baseada somente em duas espécies, Coffea arabica e Coffea canephora, que representam aproximadamente 70 % e 30 % do mercado total de café, respectivamente. O Projeto Genoma Café Brasileiro foi desenvolvido com o objetivo de disponibilizar os modernos recursos da genômica à comunidade científica e aos diferentes segmentos da cadeia produtiva do café. Para isso, foram seqüenciados 214.964 clones escolhidos aleatoriamente de 37 bibliotecas de cDNA de C. arabica, C. canephora e C. racemosa representando estádios específicos do desenvolvimento de células e de tecidos do cafeeiro, resultando em 130.792, 12.381 e 10.566 seqüências de cada espécie, respectivamente, após processo de trimagem. Os ESTs foram agrupados em 17.982 contigs e em 32.155 singletons. A comparação destas seqüências pelo programa BLAST revelou que 22 % não tiveram nenhuma similaridade significativa às seqüências no banco de dados do National Center for Biotechnology Information (de função conhecida ou desconhecida). A base de dados de ESTs do cafeeiro resultou na identificação de...

Plantas de tomateiro (Lycopersicon esculentum) apresentando sintomas de amarelecimento do limbo foliar principalmente nas nervuras, redução de crescimento e distorções foliares foram coletadas em lavouras do cinturão verde de Campinas, São Paulo, e mantidas no Centro Experimental de Campinas (IAC), para utilização em experimentos de avaliação de resistência de genótipos à virose. A partir de análises moleculares, o vírus foi identificado como Tomato yellow vein streak virus (TYVSV). Foram feitas avaliações em campo (infecção natural) e em telado (infecção natural e controlada), usando-se diversos genótipos, abrangendo cultivares, híbridos, linhagens e populações, além de espécies selvagens de tomateiro. Alguns dos genótipos e híbridos contêm o gene de resistência Ty-1. Em campo, destacou-se o híbrido 'BX 1016158' com as menores incidências de doença. Em telado (infecção natural), híbridos interespecíficos de L. esculentum x L. peruvianum, e a linhagem PI 134417 (L. hirsutum) mostraram-se os mais resistentes ao isolado. O método de avaliação precoce em telado (infecção controlada) mostrou-se adequado para discriminar genótipos resistentes ao isolado. Por meio desse método, constatou-se a resistência das linhagens 'LA 444-1' (L. peruvianum), F4(TySw5) e a série IAC 14-2, e dos híbridos 'Franco' e BX1653088 ('Densus'), os quais receberam notas próximas de um ou não apresentaram sintomas.

Over the past 10 years, Tomato yellow vein streak virus (ToYVSV) has been a major begomovirus in the main solanaceous crop region of Campinas, São Paulo, which includes counties of Sumaré, Monte Mor, Elias Fausto, and Indaiatuba. The top leaves of potato plants (Solanum tuberosum) having deforming mosaic symptoms (dms), which includes a yellow mosaic or mottling on distorted and deformed leaflets, were associated with this geminivirus (4). Recently, a table potato crop (cv. Agata) from Sumaré, with a record of a few or no white flies (Bemisia tabaci), during the winter season of June to September 2006 had 5 to 7% dms, suggestive of seed potato tuber borne virus infection. Double-antibody sandwich (DAS)-ELISA for Potato virus Y (PVY), Potato leaf roll virus (PLRV), Potato virus X (PVX), and Potato virus S (PVS) (SASA kits and protocols, Edinburgh, Scotland) gave negative results for four field collected potato plants showing dms. Bioassays (mechanical transmission from potato leaf extracts in phosphate buffered saline, 1:5 w/v) with test plants of Nicotiana tabaccum cvs. Turkish and TNN, Gomphrena globosa, Chenopodium quinoa, Datura metel, Solanum tuberosum, and a Physalis sp. were all negative. Inoculated D. stramonium developed symptoms resembling ToYVSV infection including vein clearing and mild mottling on new leaves 2 to 3 weeks postinoculation. Using primers PAC1v1978/PAV1c715 for begomovirus detection (3), the predicted PCR amplified fragment of 1,320 bp was obtained from leaf DNA extracted from all four of the dms field potato plants, as well as the inoculated and symptomatic D. stramoniium test plants. Sequence analysis indicated 100% nt identity among the 1.3-kb PCR fragments obtained from potato and D. stramonium infected plants. Sequences of 96 cloned amplicons (pGEM-T Easy Kit; Promega, Madison, WI) from symptomatic plants in the Sumaré potato field were 98 to 99% identical to Tomato severe rugose virus (ToSRV). BLAST analysis of a consensus sequence (Sequencher 3.1; Gene Codes Corporation, Ann Arbor, MI) revealed more than 95 and 99% identity with ToSRV isolates from Uberlandia (Accession No. AY029750) and Goias (Accession No. DQ207749), respectively. The DNA-based phylogenetic dendrogram confirmed the highest similarity with ToSRV and the lowest similarity with ToYVSV (72%), which was located in another cluster. These results indicate that ToSRV was the causal agent producing dms in potato plants from Sumaré. Therefore, similarly to ToYVSV (4), potato dms can be caused by ToSRV. Preliminary tests revealed that ToSRV was transmitted via seed tubers. Thus, it is of concern for seed potato certification in Brazil, especially in the major seed-potato-producing state of Santa Catarina where an outbreak of ToSRV was recently reported in tomato crops (1). Although ToSRV has been identified in other solanaceous crops in Brazil, especially tomato (Lycopersicon esculentum) and sweet pepper (Capsicum annum) (2), to our knowledge, this is the first report of ToSRV in potato in Brazil. Reference: (1) A. T. M. Lima et al. Fitopatol. Bras. 31:224, 2006. (2) D. N. Nozaki et al. Summa Phytopathol. 33:93, 2007. (3) M. R. Rojas et al. Plant Dis. 77:340, 1993. (4) J. A. C. Souza-Dias et al. CultivarHF 5(26):22, 2004.

Trinta e seis acessos de pereira representando diversas espécies, híbridos e seleções do banco de germoplasma do Instituto Agronômico (IAC) foram geneticamente caracterizados através de marcadores RAPD. Cada primer originou de 10 a 19 bandas, sendo que 26 deles forneceram 250 bandas polimórficas, de um total de 353. Os primers OPC02, OPC08, OPD02, OPD19, OPD20 e OPE06 revelaram bandas específicas para as peras orientais e OPA01, OPA11, OPC08, OPD04, OPD09 e OPD15 para as ocidentais. O dendograma obtido foi confirmado pela análise de coordenada principal, originando três principais agrupamentos: 1) Todas as pereiras lançadas pelo IAC, como 'Seleta', 'Triunfo', 'Primorosa', 'Tenra', IAC 16-41, 'Centenária', além de 'William's', 'Packham's Triumph', 'D'água', 'Hood', 'M. Sieboldt', 'Kieffer','Branca Francesa' e 'Schimidt'. 2) As pereiras asiáticas, como 'Okusankichi', 'Shinseiki', 'Atago', 'Hakko', 'Hosui', 'Nijiseiki', 'Kosui' e 'Ya-li', além de 'Nodji', 'Limeira' e todas as seleções IAC das séries 193; 293 e 393. 3) Todas as pereiras porta-enxertos da série Taiwan (P. calleryana D.), além de 'Manshu Mamenashi' (P. betulaefolia B.). Evidenciou-se que os cultivares IAC possuem maior proximidade genética com as peras ocidentais (Pyrus communis L.), mesmo sendo descendentes de 'Hood', material suspeito de ser híbrido interespecífico entre P. communis e P. serotina R.. Os resultados ratificaram a importância dos marcadores RAPD para a identificação de cultivares, seleções e híbridos pertencentes aos diferentes grupos botânicos, mostrando ser ferramenta de apoio adequada a programas de melhoramento genético de fruteiras.

Genetic relationships of palms based on enzimatic and RAPD polymorphismGenetic diversity of palms was studied by means of enzymatic polymorphism using polyacrilamide gel electrophoresis and a DNA polymorphism assay based on the amplification of random DNA segments, denominated RAPD. Species and ecotypes from genus Euterpe, Bactris, Elaeis and Syagrus were utilized. Palm leaf extracts were utilized for isozymes of malate dehydrogenase (MDH), leucine aminopeptidase (LAP), glutamate oxaloacetate transaminase (GOT), phosphoglucose isomerase (PGI), phosphoglucose mutase (PGM), acid phosphatase (ACP), peroxidase (PRX), esterase (EST), and the RAPD markers technique, using the A and B kits from Operon Technologies. Interespecific differences were observed, as well as distinctive patterns for palm hybrids.Some bands were observed in addition to those cited in the literature where starch gel electrophoresis was used for enzymatic polymorphism.The conclusions with regard to polymorphic patterns obtained using the RAPD technique confirmed those observed with isozymes, with the advantages of its greater efficiency and ability to process a large number of samples.Key words: heart of palm, peach palm, variability, hybrids. RESUMOEstudou-se, mediante polimorfismo enzimático em gel de poliacrilamida e polimorfismo de DNA com base na amplificação de segmentos de DNA ao acaso, denominado RAPD, a variabilidade genética em algumas espécies e ecótipos de palmeiras dos gêneros Euterpe, Bactris, Elaeis e Syagrus. Os extratos de folhas de mudas dessas palmeiras foram analisados para as isoenzimas de malato desidrogenase (MDH), leucinoaminopeptidase (LAP), glutamato oxaloacetato transaminase (GOT), fosfoglucose isomerase (PGI), fosfoglucose mutase (PGM), fosfatase ácida (ACP), peroxidase (PRX), esterase (EST) e para os marcadores RAPD, utilizando os "primers" dos kits A e B da Operon Technologies.Verificou-se grande variabilidade genética interespecífica, comprovada pelos dendrogramas UPGMA, com reconhecimento de híbridos.Foram observadas várias bandas além das referidas pela literatura em gel de amido. Os resultados dos marcadores RAPD comprovaram os das isoenzimas com maior eficácia, pois possibilitaram facilmente a análise de grande número de marcadores genéticos.