Our computer-aided protein-ligand docking test using Autodock Vina software allowed to reveal the potential of few α- and β-diketones from plants and alternative living organisms as covalent ligands for few proteins of coronavirus SARS-CoV-2 – a causative agent of COVID-19. It has been established that values for energy of binding (docking score, Ebind, kcal/mol) less than –7.5 and for distances of ligands’ carbonyl groups to side chain nitrogens of arginine residues of some coronaviral enzymes within 0.4 nm have been true for β-diketones 6-gingerdione (Pubchem code CID162952), 8-gingerdione (CID14440537), tetrahydrocurcumine (CID124072) as well as α-diketone wallitaxane E (CID132967478). The in silico revealed interactions are interesting to be verified in vitro and they point out a possibility of investigation of the compounds and related natural materials as tools for struggle against coronaviral infections.
Научно-исследовательский институт физико-химических проблем Белорусского государственного университета, Минск, Беларусь
НОВЫЕ ЛИПОФИЛЬНЫЕ КОНЪЮГАТЫ ФЛУОРЕСЦИРУЮЩЕГО NBD-ПИПЕРАЗИНА: СИНТЕЗ, IN SILICO ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ С ЛИПИДНЫМ БИСЛОЕМ И ЦИТОХРОМАМИ P450Аннотация. Синтезированы два новых флуоресцирующих производных NBD-пиперазина с липофильными остат ками формилхолестерола и гексановой кислоты (соединения 2 и 3 соответственно). Расчетно-теоретическими методами показана их возможность проникать через липидный бислой, а также аффинно связываться с некоторыми цитохромами P450 человека (2 с ланостерол 14α-деметилазой CYP51, 3 c лекарство-превращающими CYP1A1, CY-P2D6, CYP3A4; энергия связывания E bind в диапазоне -14,4…-10 ккал/моль) и микобактерий (2 со стерол-27 гидроксилазой CYP125, 3 с «орфанным» CYP164; E bind в диапазоне -13,3…-9,1 ккал/моль). Полученные вещества и соответствующие расчетно-теоретические данные будут способствовать приоритезации исследований in vitro для целей исследования функций этих белков.Ключевые слова: NBD-пиперазин, гексановая кислота, холестерин, in silico анализ проницаемости мембран, докинг Для цитирования. Новые липофильные конъюгаты флуоресцирующего NBD-пиперазина: синтез, in silico взаимодействие с липидным бислоем и цитохромами P450 / Я. В. Фалетров [и др.]
scite is a Brooklyn-based organization that helps researchers better discover and understand research articles through Smart Citations–citations that display the context of the citation and describe whether the article provides supporting or contrasting evidence. scite is used by students and researchers from around the world and is funded in part by the National Science Foundation and the National Institute on Drug Abuse of the National Institutes of Health.