-Conservation and improvement strategies should be based on the association between genetic and phenotypic characteristics. The objective of this work was to characterize five native Brazilian cattle breeds (Caracu, Crioulo Lageano, Curraleiro, National Polled and Pantaneiro) and two commercial breeds (Holstein and Nellore) using RAPD technique to estimate genetic distances and variability between and within breeds. Genetic relationships were investigated using 22 primers which generated 122 polymorphic bands. Analysis of molecular variance indicated that most of the genetic variation lay among individuals within populations. The genetic variabilities between pairs of breeds were statistically significant. The smallest genetic divergence was between Crioulo Lageano and Curraleiro. The National Polled, although historically considered to be of Bos taurus aquitanicus origin, similar to the Caracu, was grouped together with the other breeds of Bos taurus ibericus origin. Generally, the individual breeds formed distinct clusters except the National Polled. The RAPD technique was capable to distinguish genetically between the breeds studied; the Caracu, Crioulo Lageano, Curraleiro and Pantaneiro may be considered distinct genetic entities thereby proving the uniqueness of the populations; the National Polled has not been able to re-establish itself after its decline in the 1950s, thereby losing its genetic identity.Index terms: animal conservation, cattle, genetic characterization, RAPD. Diversidade genética e estrutura de população de bovinos nativosResumo -Estratégias para conservação e melhoramento animal devem ser baseadas na associação de características fenotípicas e genéticas. O objetivo deste trabalho foi caracterizar cinco raças nativas brasileiras (Caracu, Crioulo Lageano, Curraleiro, Mocho Nacional e Pantaneiro) e duas comerciais (Holandês e Nelore) pela técnica de RAPD para estimar a distância genética e a variabilidade genética entre e dentro das raças. As relações genéticas foram investigadas utilizando-se 22 primers, que geraram 122 bandas polimórficas. A análise de variância molecular revelou que a maior parte da variabilidade genética total ocorreu em virtude das diferenças de indiví-duos dentro das populações. Na comparação da variabilidade genética entre os pares de raças, observou-se que todos os valores obtidos foram estatisticamente significativos. A menor divergência genética foi observada entre Crioulo Lageano e Curraleiro. A raça Mocho Nacional, apesar de historicamente ser considerada de origem Bos taurus aquitanicus, mesma origem da raça Caracu, agrupou-se com as demais raças nativas consideradas de origem Bos taurus ibericus. De modo geral, as raças estudadas se agruparam em clusters distintos, com exceção da Mocho Nacional. A técnica de RAPD foi capaz de distinguir geneticamente as raças estudadas; Caracu, Crioulo Lageano, Curraleiro e Pantaneiro podem ser consideradas entidades genéticas distintas, comprovando assim, a unicidade de suas populações; a Mocho Nacional não conseguiu...