The ichthyofauna of the Río Acahuapa was analyzed sampling 17 sites that included the basin main channel and its tributaries. Fish were collected using dip-nets, seine-nets and electrofishing. Fish standard length and species abundance were recorded. Species origin and salinity tolerance criteria were used to classify fish species. Water physicochemical variables, habitat structure and sampling sites elevation were recorded. A total of 33 fish species were registered, 12.1% are primary, 45.5% are secondary and 42.4% are of marine derivation. Fish species richness declined with increase of elevation (R 2 =0.55, p=0.0006). Two assemblages of fishes were identified: the first one associated to sites of low elevations (19-184 masl), composed mainly of secondary and marine-estuarine fish species related with high temperature, water velocity, river width, dissolved oxygen and low sand and silt substrate cover; the second one associated to sites of middle and higher elevations (185-519 masl), composed by primary and secondary freshwater fishes related with high pH, logs and rocks substrate cover. In summary, elevation and environmental variables contributed to the composition and distribution of fish in the Río Acahuapa.Keywords: Community structure, Fish ecology, Freshwater fish, Habitat structure, Tropical streams.La ictiofauna del Río Acahuapa fue analizada en 17 sitios que incluyen el canal principal de la cuenca y sus tributarios. Los peces fueron recolectados utilizando chinchorros, redes de mano y electropesca. Se registró la longitud estándar y la abundancia por especie. El criterio de origen y tolerancia a la salinidad de las especies fue utilizado para clasificar a los peces. Las variables fisicoquímicas del agua, estructura del hábitat y elevación se registraron en cada sitio. Un total de 33 especies fueron registradas, cuyo 12.1% son primarias, 45.5% secundarias y 42.4% son de derivación marina. La riqueza de especies de peces disminuyó con el aumento de la elevación (R 2 =0.55, p=0.0006). Dos ensamblajes de peces fueron identificados: el primero está asociado con sitios de bajas elevaciones (19-184 msnm), compuesto principalmente de especies de peces secundarias y marino-estuarinas relacionadas con altas temperaturas, velocidad del agua, ancho de río, oxígeno disuelto y baja cobertura de sustrato de arena y limo; el segundo está asociado con sitios de mediana y alta elevación (185-519 msnm), compuesto por peces dulceacuícolas primarios y secundarios relacionados con altos valores de pH y cobertura de sustrato de troncos y rocas. Se determina que la elevación y las variables ambientales contribuyen a la composición y distribución de peces en el Río Acahuapa. Palabras-clave:Arroyos tropicales, Ecología de peces, Estructura comunitária, Estructura del hábitat, Peces de agua dulce.