O Município de São Paulo é uma área bem amostrada em relação à fauna de répteis devido à coleta intensiva feita pela população local nos últimos 100 anos. Neste trabalho consultamos registros e examinamos exemplares de coleções científicas para elaborar uma lista das espécies da região. A fauna de répteis também foi caracterizada em relação a três parâmetros ecológicos: uso do ambiente, uso de substrato e hábitos alimentares. Registramos um total de 97 espécies de répteis (dois quelônios, um crocodiliano, 19 lagartos, sete anfisbenídeos e 68 serpentes). Aproximadamente 70% da fauna de lagartos e 40% das serpentes é composta por espécies típicas de ambientes florestais e ocorrem na Serra do Mar. Outros squamata são característicos de formações abertas e são encontrados, sobretudo nas formações abertas de Cerrado do interior paulista. Todas tartarugas e o crodiliano estão associados a corpos da água. Aproximadamente 63% dos lagartos são predominantemente terrícolas e os demais são arborícolas. A maior parte das espécies de serpentes é terrícola (38%) ou subterrânea/criptozóica (25%), menor parte é arborícola (18%) ou aquática (9%). Artrópodes são o item predominante na dieta de lagartos. Quase 50% das espécies de serpentes alimentam-se exclusivamente ou predominantemente de anfíbios anuros. Outros itens alimentares importantes são mamíferos (24%), lagartos (18%), vertebrados subterrâneos (10%) e invertebrados (minhocas, moluscos e artrópodes; 15%). Um total de 51 espécies não tem sido registrado ao longo dos últimos seis anos no município. Provavelmente muitas dessas espécies já estão extintas na região em função da intensa urbanização e perda de hábitats. O levantamento de espécies coletadas no Município de São Paulo e recebidas pelo Instituto Butantan em anos recentes permitiu identificar pelo menos 42 espécies de serpentes e 10 lagartos que ainda ocorrem na região. A elevada riqueza desta fauna pretérita parece ser decorrente da localização geográfica do município, que, no passado, apresentava um mosaico de áreas florestais de Mata Atlântica e formações naturais abertas (cerrados, campos de altitude). Desse modo, a região deveria permitir originalmente a ocorrência concomitante de muitas espécies de áreas florestais e abertas. A fauna de serpentes atual registrada ao longo dos últimos três anos indica que houve uma perda maior da biodiversidade de espécies de formações abertas em relação àquelas de formações florestais.