O mal-do-panamá, causado por Fusarium oxysporum f. sp. cubense (FOC), é um dos principais problemas fitossanitários da bananicultura. O uso de cultivares resistentes é o método preferencialmente recomendado para o seu controle, sendo a avaliação da diversidade genética do patógeno necessária no desenvolvimento de estratégias de manejo da doença a longo prazo. Assim, este trabalho teve como objetivo estudar a variabilidade genética de isolados de FOC por marcadores moleculares RAPD e SSR. Foram avaliados 64 isolados coletados em regiões produtoras do estado de Santa Catarina, sendo que 100% deles foram patogênicos à bananeira da cv. 'Enxerto'. As análises de conglomerados com esses marcadores revelaram variabilidade entre os isolados amostrados. As técnicas moleculares aplicadas foram eficientes em separar os isolados em três grupos distintos. Os membros de cada grupo, em cada uma das técnicas, em geral, foram coincidentes e três dos isolados (CO16, JS23 e JS26) apresentaram-se mais distantes geneticamente nos dendrogramas de similaridade.
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