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Se obtuvieron patrones moleculares (espoligotipos) de 878 aislados de Mycobacterium bovis de ganado de diferentes regiones de México entre los años 2009 y 2010. Setenta y dos por ciento (72 %) de los espoligotipos cayeron en nueve grupos y 27 % de los aislados dentro de sólo dos espoligotipos; 149 fueron espoligotipos individuales. Los dos espoligotipos predominantes, arbitrariamente identificados como SP1 y SP2, se distribuyen en la mayor parte del territorio nacional, en especial en la zona centro de México en ganado especializado en producción de leche. A pesar de la amplia distribución geográfica de los espoligotipos de mayor frecuencia, algunos muestran cierta localización, en especial los encontrados en zonas geográficas distantes, como es el caso de Chihuahua y Baja California. Aunque pocos, algunos espoligotipos muestran patrones moleculares distintos a los mostrados por los espoligotipos de mayor frecuencia, sugiriendo fuentes de infección desconocida. La mayoría de los Estados con ganadería predominantemente lechera muestran espoligotipos comunes, lo que sugiere intercambio regional frecuente de ganado. Algunos espoligotipos son comunes en ganado para leche y ganado para carne, lo que sugiere transmisión entre estas dos poblaciones; se desconoce, sin embargo, si los animales de carne infectados provienen de explotaciones extensivas o si son de engordas ubicadas dentro de la explotación lechera. Se propone la tipificación rutinaria de aislados de M. bovis obtenidos en todos los laboratorios de diagnóstico y mejorar la captura de información epidemiológica de los casos, para hacer mejores conclusiones epidemiológicas de la distribución espacial de las cepas de este agente en el territorio nacional.