Palabras clave: Microsatélite; probabilidad de exclusión; razón de verosimilitud.Keywords: Microsatellite; exclusion probability; likelihood ratio. In genetic evaluation programs, the correct identification of the individuals of the population and the certainty of their kinship relationships is indispensable. The objective of this study was to implement identity verification and paternity tests using 18 microsatellite markers, in registered Brahman cattle from Costa Rica. Genetic parameters were calculated from the analysis of 950 DNA samples (7 sires, 788 cows and 155 offspring) collected during years 2015/2016, from 13 herds with registered cattle. Average observed and expected heterozygosity were 0.67 and 0.70, respectively. The fixation index was 4%, with significant deviations of the Hardy Weinberg equilibrium in 9 of the 18 loci. All markers except ETH225 had polymorphic information content greater than 0.50. The combined probability of identity with all markers was 2.4×10 -17 for randomly selected individuals and 2.6×10 -7 for full siblings. The combined probabilities of exclusion were greater than 0.999. All these parameters presented satisfactory values for the accomplishment of tests of identity and paternity. Next, paternity confirmation tests
El objetivo del estudio fue cuantificar la diversidad genética entre 16 subpoblaciones raciales bovinas de Costa Rica, con base en 1412 muestras de ADN bovino de todo el país, evaluadas mediante 18 marcadores microsatélites. El número promedio de alelos (Na) por locus dentro de raza fue de 10,3, que varían entre 8 (Holstein×Jersey) y 13 (Criolla para doble propósito). El número promedio de alelos efectivo (Ne) fue de 5,04, con cambios entre 4,18 (Jersey) y 5,64 (Bos taurus×Bos indicus). La heterocigosidad observada promedio fue de 0,77, variando entre 0,73 (Jersey) y 0,81 (Bos taurus×Bos indicus). La heterocigosidad esperada (He) promedio fue de 0,78, que oscilan entre 0,74 (Jersey y Holstein×Jersey) y 0,81 (Bos taurus×Bos indicus, Criolla para doble propósito y Cruces para doble propósito). El contenido de información polimórfica (PIC) fue de 0,76, con variaciones entre 0,71 (Jersey y Holstein×Jersey) y 0,79 (Criollas para doble propósito y Cruces para doble propósito). El FIS promedio fue de 0,02, con oscilaciones entre -0,03 (Holstein×Jersey) a 0,04 (Brahman, Criolla para carne y Cruces para leche). La desviación del equilibrio Hardy Weinberg no fue significativa (p>0,05) en la mayoría de los loci para las subpoblaciones raciales. El subgrupo con mayor número de loci en desequilibrio fue Jersey (8 loci), mientras que los subgrupos Bos taurus×Bos indicus, Criolla para leche y Holstein×Jersey presentaron solo 1 locus en desequilibrio. Los índices de fijación FIS (0,02), FIT (0,05) y FST (0,03) indicaron cierta tendencia hacia la homocigosidad. Los dendrogramas mostraron 3 agrupaciones raciales claramente diferenciadas que coinciden con las razas de origen Bos taurus, Bos indicus y sus respectivos cruces. Los resultados del análisis indicaron que el número de microsatélites empleados sí permitió establecer una discriminación clara a nivel de las frecuencias alélicas y en la distribución del tamaño de los alelos entre las subpoblaciones de distintas especies y aún entre razas puras.
DNA polymorphism is very useful in paternity analysis. The present paper describes paternity studies done using DNA profiles obtained with the (CAC)5 probe. All of the subjects studied were involved in nonjudicial cases of paternity. Genomic DNA digested with HaeIII was run on agarose gels and hybridized in the gel with the (CAC)5 probe labeled with 32P. The mean number of bands larger than the 4.3 kb per individual was 16.1. The mean proportion of bands shared among unrelated individuals was 0.08 and the mean number of test bands was 7.1. This corresponded to an exclusion probability greater than 0.999999. Paternity was excluded in 34.5% of the cases. The mutation frequency estimated from non-excluded cases was 0.01143 bands per child. In these cases, the paternity was confirmed by a locus-specific analysis of eight independent PCR-based loci. The paternity index was computed in all non-excluded cases. It can be concluded that this method is a powerful and inexpensive alternative to solve paternity doubts.
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