En el sur del Estado de México el chile manzano (Capsicum pubescens R. y P.) es un cultivo económicamente importante, sin embargo, es afectado por la “marchitez”, enfermedad de raíz que provoca la muerte de la planta. El objetivo fue identificar los organismos asociados y evaluar la variación en respuesta al daño de la marchitez en 16 genotipos (M1-M16) de chile manzano. Se sembraron segmentos de plantas infectadas en medio de cultivo PDA y 3P y se identificaron morfológica y molecularmente a los organismos asociados. Para la interacción patógeno-genotipo, se inocularon los organismos asociados solos y sus combinaciones en C. pubescens. Se identificaron a Fusarium oxysporum, Phytophthora capsici y Rhizoctonia solani como responsables de la marchitez, en los que hubo diferencias en severidad e incidencia entre colonias de F. oxysporum (P?0.01), y de P. capsici (P?0.05). Hubo diferencias significativas (P?0.01) en patogenicidad entre P. capsici, F. oxysporum y R. solani, y combinaciones entre estos. Se observó variación en la resistencia a la marchitez, donde M8 fue el genotipo que presentó resistencia a F. oxysporum y R. solani, y M9 tolerancia a F. oxysporum. Éstos pueden ser aprovechados en el mejoramiento genético para desarrollo de genotipos resistentes.
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