O adoecimento dos trabalhadores, e o conseqüente absenteísmo, é tema relevante para o setor público, em virtude dos altos índices de afastamentos por doença verificados. Busca-se caracterizar o perfil de licenças médicas entre os funcionários da Secretaria de Estado da Saúde de São Paulo (SES-SP), Brasil. Foram coletados dados dos 58.196 trabalhadores da SES-SP contratados sob regime jurídico do funcionalismo público no ano de 2004, bem como os respectivos episódios de licenças médicas. O percentual geral de absenteísmo por doença foi de 2,8%, com diferenças entre tipos de unidades da SES-SP e entre agrupamentos de funções exercidas. Os maiores percentuais de absenteísmo foram encontrados entre trabalhadores em funções operacionais (3,4%) e em funções assistenciais (3,3%) em hospitais. O total de dias de licença por doença de cada profissional apresentou associação com a função exercida, a faixa etária e o sexo. Os resultados apontam para a necessidade de estabelecer políticas que incidam sobre a organização do trabalho, com intervenções inovadoras nos espaços profissionais.

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