Background:The collaboration between the Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2, an epigenetic modifier) and long non-coding RNAs (lncRNAs) has become a paradigm for gene regulation studies. In cancer cells, the MALAT1 lncRNA has arisen as a key partner for PRC2. However, it is unknown whether this partnership occurs genome-wide at the chromatin level, as most of the studies focus on single -usually repressed- genes. Due to the genomic binding properties of both macromolecules, we wondered whether there are binding sites shared by PRC2 and MALAT1. Results: Using public genome-binding datasets for PRC2 and MALAT1 derived from independent ChIP- and CHART-seq experiments performed in the breast cancer cell line MCF7, we searched for regions containing PRC2 and MALAT1 overlapping peaks. Peak calls for each molecule were performed using MACS2 and then overlapping peaks were identified by bedtools intersect. Using this approach, we identified 1,293 genomic sites where PRC2 and MALAT1 concur. Interestingly, 54,75% of those sites are within gene promoter regions (<3000 bases from the TSS). These analyses were also linked with transcription profiles of MCF7 cells, obtained from public RNA-seq data. Hence, it was determined that MALAT1 and PRC2 can concomitantly bind to promoters of genes that are actively transcribed in MCF7 cells. Gene ontology analyses revealed an enrichment of genes related to categories including cancer malignancy and epigenetic regulation. Conclusions: By re-visiting occupancy and transcriptomic data we identified a novel subset of genes, including key cancer-related genes, where MALAT1 and PRC2 may collaborate to control transcription.

Descripción: los trastornos del desarrollo sexual (DSD, disorders of sex development) son condiciones congénitas que se caracterizan por la discordancia entre la apariencia externa (masculinidad o feminidad) y la constitución cromosómica o sexo gonadal. Estas manifestaciones están relacionadas con alteraciones a nivel del desarrollo gonadal y del tracto urinario-genital e incluso del sistema reproductivo-endocrino. Dentro de las causas de estas se encuentran las genéticas, las cuales son provocadas por anomalías cromosómicas, en particular de los cromosomas sexuales, o por alteración de genes involucrados con el desarrollo embrionario de los órganos sexuales; como también, anomalías que generen la interrupción de la síntesis de hormonas específicas.   Relevancia: en el grupo de trastornos del desarrollo sexual ligado a alteraciones en el número de cromosomas se encuentran el síndrome de Klinefelter (47,XXY) (SK) y el síndrome de Turner (45,X) (ST). Reportes en la literatura mencionan que las aneuploidias de los cromosomas sexuales impactan directamente en los genes, factores transcripcionales y mecanismos epigenéticos que afectan la expresión génica.   Conclusiones: en la literatura, son escasos los estudios moleculares comparativos entre pacientes con síndrome de Turner (ST) o Klinefelter (SK), siendo estos fundamentales para comprender los procesos génicos que están relacionados con el desarrollo de las patologías de estos pacientes, y así contribuir al mejoramiento del diagnóstico, tratamiento y asesoría médica del paciente con ST ó SK, impactando directamente en la calidad de vida de estos. En este artículo se presenta una revisión bibliográfica actualizada de los trastornos del desarrollo sexual asociados a los cromosomas sexuales, específicamente del ST y SK.

Objetivo Los trastornos del desarrollo sexual son un grupo de enfermedades congénitas que afectan la formación normal de los genitales. Dentro los mecanismos fisiopatológicos descritos existen factores genéticos causados por alteraciones cromosómicas o en los genes determinantes en la diferenciación sexual. En este trabajo se analizaron alteraciones cromosómicas y en el gen SRY como posible causa del trastorno. Se realizó cariotipo con bandas G o R y FISH para SRY en linfocitos, tejido gonadal y tejido escrotal.   Materiales y métodos La información clínica de los sujetos de investigación se obtuvo de los informes de los médicos tratantes. En 9 (73%) casos el sexo asignado fue masculino y en 3 (27%) casos fue femenino. 8 de los casos (66%) tuvieron cariotipo 46,XY; 2 casos (17%) 46,XX y en 2 casos (17%) se reportaron mosaicos con presencia de idic(Y). Un solo caso de tejido gonadal mostró mosaicismo debido a la presencia de una línea celular tetraploide. El diagnóstico clínico más frecuente fue de genitales ambiguos en 8 casos (67%). Seguido de hipospadias en 5 casos (41,7%).   Conclusiones Los resultados muestran la importancia de aplicar diferentes pruebas citogenéticas en el diagnóstico y la necesidad del seguimiento de los pacientes por un equipo transdisciplinario para abordar estas condiciones clínicas.

Objectives: Etiology of gonadal dysgenesis and ovotesticular syndrome is unknown in a majority of cases. To perform cytogenetic and molecular characterization of a group of patients with ovotesticular syndrome and complete gonadal dysgenesis from peripheral blood and gonadal tissue samples. Materials and methods: A total of 6 patients were included, 3 with diagnosis of 46,XX ovotesticular syndrome, one diagnosed with 46,XY ovotesticular syndrome; one with suspected 46,XX gonadal dysgenesis, and one with 46,XY complete gonadal dysgenesis. Results: All patients were evaluated with karyotype, fluorescent in situ hybridization (FISH) for SRY, multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA) and comparative genomic hybridization (aCGH) on peripheral blood samples. In cases with available gonadal tissue, the levels of genetic expression of SOX3, SRY, and SOX9 were determined through real-time PCR and immunofluorescence.  Rearrangements involving SRY gene were ruled out. No deletions/duplications or copy-number variations (CNV) were detected as the etiology for sexual development disorder in any of the patients studied. In a case of 46,XX ovotesticular syndrome, the gonadal karyotype was different from the karyotype in peripheral blood. Aberrant expression of SOX3 and SOX9 in gonadal tissue of a case with 46,XX ovotesticular syndrome was observed. Conclusions: Lower levels of expression of SRY and SOX9 compared to the levels in human cellular lines of embryonic testicle and Sertoli were documented in the gonadal tissue of a case with 46,XY ovotesticular syndrome. Cytogenetic and molecular studies of the gonads as a complement to peripheral blood study have the potential to enrich the understanding of sexual development disorders in patients who are XX or XY in peripheral blood.