Program Tol Laut merupakan upaya mengurangi perbedaan harga Kawasan Barat dengan Kawasan Timur Indonesia dengan penjaminan ketersediaan bahan penting dengan pengoperasian kapal secara rutin dan terjadwal untuk mendistribusikan logistik ke daerah tertinggal, terpencil, terluar, dan perbatasan. Seiring berjalan, perlu dilakukan evaluasi dampak tol laut terhadap disparitas harga dengan menganalisis fungsi dari variabel transportasi laut. Disparitas Harga adalah pengaruh dari jarak, sehingga penambahan jarak menyebabkan perbedaan harga di tiap tiap daerah. Perbedaan harga antara Kota Surabaya dan Kota Kalabahi yang berjarak 733 Nm, dimana harga komoditas beras di kota Surabaya Rp. 9.442/Kg, sementara faktor jarak ditambah margin keuntungan, harga Beras di Kota Kalabahi Rp. 10.662/Kg, sementara di kota Rote sebesar Rp. 10.679, dan di kota Moa sebesar Rp. 10.689/Kg. Pelaksanaannya dilakukan dengan membandingkan harga kebutuhan pokok sebelum tol laut dan saat berjalannya Program, serta mengevaluasi rute. Dampak positif dalam penurunan harga kebutuhan pokok di daerah tujuan tol laut, dari hasil penelitian terjadi penurunan harga 11% sampai 20%. Rekomendasi kebijakan perubahan pola operasi menjadi multiport dengan memperhitungkan muatan naik dan turun dengan rute Surabaya-Kalabahi-Moa-Rote-Sabu-Surabaya dengan jarak 2.050 NM dan kecepatan 1,62 Knot sehingga biaya tiap voyage menjadi 1.344,80 Juta rupiah/Round Trip dan berdampak terhadap jumlah frekuensi dalam satu tahun menjadi 23 frekuensi/Tahun.