HIV-1 protease is most active under weakly acidic conditions (pH 3.5-6.5), when the catalytic Asp25 and Asp25 residues share 1 proton. At neutral pH, this proton is lost and the stability of the structure is reduced. Here we present an investigation of the effect of pH on the dynamics of HIV-1 protease using MD simulation techniques. MD simulations of the solvated HIV-1 protease with the Asp25/25 residues monoprotonated and deprotonated have been performed. In addition we investigated the effect of the inclusion of Na ؉ and Cl ؊ ions to mimic physiological salt conditions. The simulations of the monoprotonated form and deprotonated form including Na ؉ show very similar behavior. In both cases the protein remained stable in the compact, "self-blocked" conformation in which the active site is blocked by the tips of the flaps. In the deprotonated system a Na ؉ ion binds tightly to the catalytic dyad shielding the repulsion between the COO ؊ groups. Ab initio calculations also suggest the geometry of the active site with the Na ؉ bound closely resembles that of the monoprotonated case. In the simulations of the deprotonated form (without Na ؉ ions), a water molecule bound between the Asp25 Asp25 side-chains. This disrupted the dimerization interface and eventually led to a fully open conformation. Proteins 2005;58:450 -458.

No abstract

No abstract

No abstract

No abstract

No abstract

Метою роботи було перевірити здатність ендотеліального моноцитактивуючого фактора ІІ (EMAP II) впливати на вільнорадикальний стан серця і судин, на відновлення спряженого стану конститутивних ізоформ NO-синтаз (сNOS) ВСТУПВ частині І ми показали, що одним із ме-ханізмів розвитку порушень редокс-ста-тусу клітин серця і судинної стінки, що зумовлюють дисфункцію цих органів за гіпертензії, може бути індукція неспряженого стану конститутивних NO-синтаз (еNOS і/ чи nNOS), яка супроводжується знижен-ням конститутивного синтезу оксиду азоту (NO) і зростанням утворення супероксид-аніона ( • О 2 -) і його токсичних похідних -пероксинітриту (ONOO -) та гідроксильного аніон-радикала ( • OH). В умовах окисного стресу відбувається глутатіонування SH-груп цистеїну в молекулі ендотеліальної NOS (еNOS) окисненим глутатіоном, що і спричи-няє її неспряження [1][2][3]. Дані останніх дос-лід жень свідчать, що неспряження еNOS мо же бу ти також результатом впливу активованих при запаленні моноцитів [4]. Саме здатність акти вувати ендотеліальні клітини і моноцити спо ну кала авторів, які вперше описали ен-дотеліальний моноцитактивуючий фак тор ІІ (EMAP II), назвати його таким чином [5]. Крім того, було показано, що він відіг-рає важливу роль у розвитку запалення, апоптозу та ангіогенезу [6], а також здатен збільшувати проникність кровотканинного бар'єра [7]. Ці властивості EMAP II спону-кали дослідників до вивчення його як мож-ли вого протипухлинного агента [8] чи зас то сування його блокади для активації ан-гіо генезу та покращення функції серця при експе риментальному інфаркті міокарда [9]. З

Aim. The article is dedicated to optimization of the DNA microarray data processing, which is aimed at improving the quality of object clustering. Methods. Data preprocessing was performed with program R using Bioconductor package. Modelling the clustering process was made in the software environment KNIME using the program WEKA functions. Results. The data preprocessing is shown to be optimal while using such techniques as the background correction rma method, quantile normalization, mas PM correction and summarization by mas method. The simulation results have demonstrated a high effectiveness of the clustering algorithm Sota for this category of data. Conclusion. Improvement of the quality of biological object clustering is possible by means of hybridization and optimization of the methods and algorithms at different stages of data processing.K e y w o r d s: clustering, gene expression, data preprocessing, DNA microchip.