Молекулярно-генетическое разнообразие гороха (<i>Pisum sativum</i>L.) из коллекции ВИР на основе данных AFLP-анализа

Дьяченко, Е. А.; Рыжова, Н. Н.; Вишнякова, М. А.; Кочиева, Е. З.

doi:10.7868/s0016675814090045

Cited by 3 publications

(2 citation statements)

References 0 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…Горох посевной (Pisum sativum L.) -широко распространенная во всем мире зернобобовая культура, которая является одним из главных источников растительного белка (Davletov, 2008;Dyachenko et al, 2014). В России горох успешно выращивают в разных почвенноклиматических условиях: на севере -до приполярной зоны, а на юге, западе и востоке -до государственных границ нашей страны.…”

Section: Introductionunclassified

Genetic diversity assessment in pea cultivars and lines using the SSR analysis

Гайнуллина

Kuluev

Давлетов

2020

Trudy po prikladnoy botanike, genetike i selektsii

View full text Add to dashboard Cite

Background. Pea is the main leguminous crop in the Republic of Bashkortostan and widespread all over the world. The key role in the breeding of new pea cultivars is played by source material representing the phenotypic and genotypic diversity of Pisum sativum L., searched for in plant genetic resources collections. SSR markers are successfully used to study the DNA polymorphism of various genetic objects, including pea. However, the distribution of a number of microsatellite alleles in the genotypes of specific lines and cultivars of this valuable pulse crop remains practically unexplored.Materials and methods. Molecular genetic polymorphism was studied in 40 pea cultivar accessions of different ecological and geographical origin from the Vavilov Institute’s genebank of plant genetic resources or developed at regional breeding centers. Microsatellite analysis was performed using 5 SSR markers from the genomic library of microsatellites (Agrogene®, France).Results. All markers delivered good electrophoretic profiles and helped to amplify a number of alleles per locus varying from 2 (AB53) to 9 (AA355). The total number of alleles was 26, while the average number of alleles per locus was 5.2. The polymorphism information content (PIC) varied from 0.39 for locus AB53 to 0.82 for locus AA355, with the mean value of 0.60. The set of SSR markers used in the work made it possible to individualize each of the studied pea genotypes. The measured genetic distances were used to draw a dendrogram showing the distribution of genotypes according to their genetic relationship.Conclusion. Through studying the source material for pea breeding by the SSR analysis the data were obtained that provide additional information about the genetic structure of the collection and the polymorphism of the studied cultivar accessions. The results of genotyping pea cultivars and lines can be used for their genetic identification or to select parental pairs for hybridization.

show abstract

Section: Introductionunclassified

Genetic diversity assessment in pea cultivars and lines using the SSR analysis

Гайнуллина

Kuluev

Давлетов

2020

Trudy po prikladnoy botanike, genetike i selektsii

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…Об эффективности метода говорит частота его использования. AFLP активно и успешно применяется для оценки межсортовой вариабельности у многих сельскохозяйственных культур, в том числе пшеницы (6), ячменя (7), гороха (8,9), перца (10,11).…”

unclassified

Вариабельность Генома Отечественных Сортов Картофеля: Данные Aflp-Анализа

Дьяченко¹

2020

S-h. biol.

View full text Add to dashboard Cite

Успех селекционных программ во многом зависит от знания генетического разнообразия и родословных сортов растений, что важно для определения родительских пар для скрещивания, генотиповдоноров ценных признаков, внутрисортовой гомогенности. AFLP (amplified fragment length polymorphism) -один из популярных методов детекции геномного полиморфизма и генотипирования образцов, сортов и линий растений. Помимо решения таксономических и филогенетических проблем, метод AFLP широко используется для определения вариабельности, гомогенности и степени интрогрессии и гибридности сортов Solanum tuberosum, реконструкции их родословных, а также для поиска маркеров, сцепленных с различными признаками. Несмотря на важность сортовой паспортизации и оценки межсортовой геномной вариабельности, в Российской Федерации научно-исследовательских работ по молекулярному маркированию генотипов сортов картофеля отечественной и зарубежной селекции, возделываемых на территории России, известно немного. В представленном исследовании с использованием мультилокусного AFLP-маркирования проведен анализ вариабельности ядерного генома у 60 сортов и пяти перспективных селекционных клонов картофеля. С помощью праймерных комбинаций Е35/М40 и Е41/М35 было детектировано 218 AFLP-фрагментов, 189 (86,7 %) из которых оказались полиморфными и 19 -уникальными для некоторых сортов. Каждый из 65 анализируемых образцов картофеля был охарактеризован специфичным AFLP-спектром. Значения генетических расстояний между анализируемыми сортами варьировали в широких пределахот 0,37 до 0,77 при среднем значении GD = 0,61. Вид Solanum stoloniferum, используемый в качестве образца внешней группы, имел наибольшее сходство с cортом Фиолетовый (GD = 0,59), а наибольшее различиес сортом Аврора (GD = 0,80). Был проведен статистический анализ результатов AFLP-маркирования и показано отсутствие статистически достоверной кластеризации. На дендрограммах, построенных с помощью программ PAST и Structure v. 2.3.4, наблюдалась тенденция кластеризации (с низкой бутстрэп-поддержкой) сортов селекции Всероссийского НИИ картофельного хозяйства им. А.Г. Лорха, сортов с устойчивостью к фитофторозу, нематоде или Y вирусу картофеля (PVY), а также сортов с желтой окраской кожуры клубней. Высокая степень общего полиморфизма анализируемой выборки сортов, отсутствие четкой кластеризации и «нестабильное» положение образцов могут быть связаны с тем, что в настоящее время идет интенсивный обмен селекционным материалом, а также с возрастающей популярностью использования генофонда дикорастущего картофеля в селекции.

show abstract

Characterization of variability of the intergenic spacers cpDNA trnH–psbA, trnY–trnT AND rpoB–trnC in representatives of Pisum L. (Tribe Fabeae)

Dyachenko

Андреевна²,

Семенова

et al. 2020

Ecological genetics

View full text Add to dashboard Cite

Background. Plant chloroplast genome have conservative structure, but its nucleotide sequence is polymorphous due to which cpDNA fragments are often used in taxonomic and phylogenetic studies. Despite the widespread distribution and use of Fabeae species, mainly peas (Pisum), data on the intraspecific diversity of cpDNA fragments are almost absent. The aim of the work was to analyze the intraspecific variability of three cpDNA spacers in Pisum. Materials and methods. As a result of the work, intergenic spacers trnYtrnT, trnHpsbA and rpoBtrnC in 38 accessions of the Pisum and related Fabeae species were sequenced. Despite the fact that the selected chloroplast fragments are generally considered to be sufficiently variable in plants and are often used for phylogenetic studies, Pisum accessions have been found to have no intraspecific differences in two of the three spacers sequences analyzed. Results and conclusion. A total 97 SNPs were detected in Pisum accessions, seven of them distinguished P. sativum from P. fulvum. The most variable of the analyzed fragments was the intergenic spacer rpoBtrnC. Based on rpoBtrnC sequence 17 haplotypes in P. sativum and four haplotypes in P. fulvum were revealed. The cpDNA sequencing data were used for a phylogenetic analysis. On the obtained tree Vavilovia formosa accession formed a separate branch from pea accessions. All Pisum accessions fall in one cluster, split into distinct P. sativum and P. fulvum subclusters (BI = 99%).

show abstract

Молекулярно-генетическое разнообразие гороха (Pisum sativumL.) из коллекции ВИР на основе данных AFLP-анализа

Cited by 3 publications

References 0 publications

Genetic diversity assessment in pea cultivars and lines using the SSR analysis

Genetic diversity assessment in pea cultivars and lines using the SSR analysis

Вариабельность Генома Отечественных Сортов Картофеля: Данные Aflp-Анализа

Characterization of variability of the intergenic spacers cpDNA trnH–psbA, trnY–trnT AND rpoB–trnC in representatives of Pisum L. (Tribe Fabeae)

Contact Info

Product

Resources

About