Intermittent rivers have a specific hydrological behaviour which also influences water quality dynamics. The objective of this work was to model the flow and water quality dynamics of a coastal Mediterranean intermittent river using the Soil and Water Assessment Tool (SWAT 2005). Flow, sediment, nitrogen and phosphorus transport were simulated on the Vène experimental catchment, France. The model was sequentially calibrated at sub-catchment scale and validated both at sub-catchment and catchment scales. A procedure for building the data records for the point sources is presented. The results indicate that, while the model produces good results for flow simulation, its performance for sediment transport is less satisfactory. This in turn impacts on the nutrient transport module. The reasons behind these shortcomings are analysed, taking into account the length of the data records, their distribution and the equations used in the SWAT model. The need for a thorough multi-objective model validation is illustrated. Une procédure de reconstitution des séries temporelles relatives aux rejets ponctuels est présentée. Bien que le modèle donne de bons résultats pour la simulation des débits, les résultats indiquent que sa performance pour le transport des sédiments est moins satisfaisante. Ceci influence à son tour le module de transport des nutriments. Les raisons derrière ces limitations sont analysées en tenant compte de la longueur des séries de données, leurs distributions et les équations utilisées dans le modèle SWAT. La nécessité d'avoir recours à une validation multi-critère approfondie du modèle est illustrée.