A tuberculose multidroga resistente (TB-MDR) é um dos grandes desafios para o controle da doença. Diante disso, o objetivo desse estudo é avaliar e comparar os desafios enfrentados na cascata de cuidados da TB-MDR, por meio da percepção de profissionais de saúde (PS) de um centro de referência em Lisboa e outro no Rio de Janeiro. Realizou-se um estudo transversal qualitativo com amostragem não probabilística. A produção dos dados empíricos deu-se por meio de entrevistas semiestruturadas com PS em Lisboa e no Rio de Janeiro, entre 2018 e 2019. Utilizou-se a análise de conteúdo temática, com o auxílio do Nvivo versão 12, para análise dos dados. A vulnerabilidade social dos pacientes, redução das equipes, problemas na busca de pacientes faltosos e sistema laboratorial não integrado ao sistema clínico foram desafios em comum. Lisboa destaca-se por ter um diagnóstico da resistência mais ágil, suporte aos grupos de risco e medicamentos mais modernos, enquanto o Rio de Janeiro tem melhor biossegurança e mais recursos humanos. Lisboa tem um tratamento mais centrado no paciente, enquanto a falta de um fluxo que agilize o diagnóstico da resistência e de políticas públicas que amparem o paciente compromete a evolução do tratamento na cidade brasileira.