La Estación Científica Las Joyas (ECLJ) de la Sierra de Manantlán ha tenido un fuerte historial de perturbaciones. En 1988 se instaló un cerco perimetral que delimitó la estación, quedando esta área exenta de perturbaciones antrópicas. El cercado dividió diferentes rodales de bosque mesófilo de montaña, de pino y de pinoencino, quedando estos rodales con áreas de bosque con-ganado y otras sin-ganado. El estudio se realizó en estos bosques, usando dos réplicas y colocando aleatoriamente 180 cuadros de 2x2 m, 90 cuadros fuera de la ECLJ y el resto adentro. En estos cuadros se registró la regeneración arbórea (especie, densidad y altura). Se registraron 38 especies pertenecientes a 33 familias y 35 géneros. El número de árboles jóvenes fue significativamente diferente entre los sitios sin-ganado vs con-ganado (en todos los casos χ2 >7.5 y p <0.001) y la composición florística también fue diferente. Inga hintonii y Alnus jorullensis, son especies que no se encontraron en lugares conganado, esto sugiere que son especies potenciales a extinguirse en presencia del ganado. Las especies, Xylosma flexuosum y Pinus douglasiana, presentaron valores significativos de importancia en los sitios con-ganado en el bosque mesófilo de montaña y pino-encino, respectivamente. En el bosque de pino, tanto en sitios con y sin-ganado, las especies con mayor valor de importancia fueron; Pinus douglasiana y Prunus serotina. Se concluye que el ganado bovino está ejerciendo un cambio en la composición florística y en la disminución del número de árboles jóvenes por hectárea en los tres tipos de vegetación estudiados.