ResumoModernas técnicas de biologia molecular são utilizadas para quantificar os níveis de expressão gênica de amostras celulares, frequentemente submetidas a diferentes condições experimentais. A genômica funcional é a área da bioinformática responsável pela caracterização do papel funcional dos genes e processos biológicos associados. A análise de expressão gênica requer o uso (integrado) de diversas ferramentas de análise para a obtenção de respostas às questões biológicas de interesse. Uma plataforma de análise pode ser utilizada para facilitar a integração sintática e semântica destas ferramentas. Tal plataforma deve oferecer acessibilidade, reprodutibilidade e transparência, de modo a promover a colaboração e a disseminação da pesquisa científica. A plataforma SemanticSCo foi concebida para prover suporte à composição semântica de serviços de análise de expressão gênica. Contudo, esta plataforma, em sua versão standalone, apresenta baixa acessibilidade, além de não prover suporte para a reprodução e o compartilhamento dos workflows desenvolvidos por seus usuários. O principal objetivo deste projeto foi ampliar a acessibilidade da plataforma SemanticSCo, bem como introduzir suporte para a reprodução e compartilhamento de workflows. Como resultado principal, desenvolvemos uma nova versão da plataforma SemanticSCo, chamada SemanticSCo Web. A plataforma SemanticSCo Web possui uma interface simples e amigável, contribuindo para o desenvolvimento colaborativo de pesquisa científica reproduzível no domínio da genômica funcional. Adicionalmente, desenvolvemos uma API chamada SIBRI para permitir a execução automática, via framework Activiti, de serviços RESTful modelados como processos BPMN. O uso desta API facilita a integração de aplicações desenvolvidas na linguagem Java e que fazem uso de serviços RESTful, dado que esta API provê suporte à interação com o usuário em um ambiente web para que o mesmo possa prover valores de parâmetros que serão utilizados na execução de um dado serviço. Desta forma, a API SIBRI simplifica a incorporação de novos serviços na plataforma SemanticSCo Web. Palavras-chave: Plataforma integrada de análise de expressão gênica; Acessibilidade, reprodutibilidade e transparência; SemanticSCo Web; API SIBRI.
AbstractModern molecular biology techniques are used to quantify the levels of gene expression of cellular samples, often submitted to different experimental conditions. Functional genomics is the area of bioinformatics responsible for the characterization of the functional role of genes and associated biological processes. The analysis of gene expression requires the (integrated) use of several analysis tools to obtain answers to a given biological question. An analysis platform can be used to facilitate the syntactic and semantic integration of these tools. Such platform should offer accessibility, reproducibility and transparency in order to promote collaboration and dissemination of scientific research.The SemanticSCo platform was designed to provide support for the semantic compositi...