Mahseer (genus Tor dan Neolissochilus) adalah ikan dari famili Cyprinidae yang tersebar luas di Asia Selatan hingga Indonesia bagian barat. Saat ini keberadaan ikan tersebut di alam terancam akibat degradasi lingkungan, salah satunya di Jawa Timur, Indonesia. Berkurangnya jenis ikan tersebut mengakibatkan kepunahan spesies di masa yang akan datang dan terbatasnya peran spesies pada ekosistem karena kehilangan keragaman genetik. Keragaman genetik ini dapat diketahui dengan adanya karakteristik morfologi untuk mengetahui status genetik dari suatu ikan. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi keanekaragaman jenis mahseer berdasarkan karakter morfologi di beberapa lokasi sungai di Jawa Timur. Sampel ikan mahseer diperoleh dari Kabupaten Pasuruan (DAS Banyubiru dan Umbulan), Kabupaten Tulungagung (DAS Song), dan Kabupaten Karanganyar (DAS Senatah). Identifikasi morfologi dilakukan berdasarkan panduan identifikasi. Karakteristik yang diamati adalah morfologi, meristik, dan fitur tambahan (matriks pola warna). Hasil kajian morfologi menunjukkan bahwa terdapat 2 jenis mahseer di Jawa Timur, yaitu Tor tambra dan Tor tambroides.