Theoretical Investigation of the Molecular Structure and Molecular Docking of Etoricoxib

Abstract

In this work, a computational chemical study of Etoricoxib was carried out at the X/6311G(d,p) (where X=B3LYP, M06 and B97XD) level of theory, at the gas, aqueous and ethanol phases. Through the chemical reactivity descriptors derived from the DFT, it was possible to find that Etoricoxib structure exhibits a major chemical activity in water and ethanol phases in comparison to the gas phase, which suggests this drug would be more active in biological solvents like in blood, tissues and places where the ciclooxigenasa 2 (COX)-2 is found. In addition, a molecular docking analysis was conducted to study the interaction of Etoricoxib with the COX-2 active site. The results suggest that Etoricoxib interacts with 19 amino acid residues inside the COX-2 active site.

Introducing a two‐dimensional graph of docking score difference vs. similarity of ligand‐receptor interactions

“…The docking results were consistent with other studies re ported previously by Sadasivam et al (2020), in which a ligand such as etoricoxib, designed as a selective COX2 inhibitor, show the highest potency compares to other lig ands. The docking results also show that indomethacin has potential, although it is not a selective COX2 inhibitor.…”

Порівняльний Аналіз Особливостей Протеїн-Лігандових Взаємодій Нестероїдних Протизапальних Препаратів Як Інгібіторів Циклооксигенази

“…У COX-2 молекула (2) також є перевернутою, але через менший її розмір піримідиновий фрагмент може взаємодіяти з Tyr355. Залишок Arg513 активного сайту COX-2 знаходиться біля фенілетенового замісника піримідинового кільця обох сполук (2, 3).У роботі[12] зазначено, що молекула еторикоксибу (ETX) взаємодіє з 19 амінокислотними залишками активного сайту зв'язування COX-2, більшість взаємодій є гідрофобними, та є лише один водневий зв'язок між воднем первинної аміногрупи бічного Рис. 2.…”

“…Амінокислотне оточення сполук (2), (3) в активному сайті зв'язування COX-2[11] Arg513 та атомами кисню в сульфонільній групі ETX. Проте атоми азоту піридинових фрагментів можуть утворювати сольовий місток з атомами кисню залишків Ala527 і Met522, а між піридиновим циклом і пептидним зв'язком між залишками Gly526 -Ala527 також може відбуватися взаємодія[12].У роботі[9] зазначено, що для зв'язування лігандів (флуорбіпрофену, індометацину, диклофенаку та SC558) з COX-2 ключовими є три зони активного сайту COX-2 (Cavity A, B, C). Зона А сформована амінокислотними за лиш ками Phe381, Tyr385, Leu384, Trp387 і Phe518, зона B -Leu531, Val116, Val349, Leu359 і Tyr355, зона С -Val523, а також Ser353 і Tyr355 (рис.…”