The use of semi-automated fluorescent microsatellite analysis for tomato cultivar identification

Bredemeijer, G. M. M.; Arens, Paul; Wouters, Doret; Visser, Dennis; Vosman, Ben

doi:10.1007/s001220050934

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“…Thirty-six SSR markers were used in this population, including SSR11, SSR14, SSR22, SSR27, SSR32, SSR38, SSR40, SSR45, SSR52, SSR74, SSR86, SSR115, SSR135, SSR248, SSR320, SSR356 (Sol Genomics Network at www.sgn.cornell.edu; Table 1); LE20592, LECAB9, LECHI3, LECHSOD, LEHMG2A, LEILV1B, LESODB, LESSF, LEWIPIG (Smulders et al 1997), LED10, LEE102 (Bredemeijer et al 1998); TMS22, TMS48 (Areshchenkova and Ganal 1999); STRBCS1b (Sandbrink et al 2000); EST245053, Theor Appl Genet (2007) 114:439-450 441 EST253712, EST259379 (Areshchenkova and Ganal 2002) and three new SSRs: LEB147, LED6, and S75487 (Table 1). PCR were done in 20-ll volumes containing 10 ng of genomic DNA, 0.2 lM each of forward and reverse primers, 2 ll of 10· Goldstar reaction buffer, 2.5 mM MgCl 2 , 0.1 mM each of dNTP, and 0.4 U of GoldstarTaq DNA polymerase (Eurogentec, Maastricht, The Netherlands).…”

Section: Dna Isolation and Marker Analysismentioning

confidence: 99%

QTL identification for early blight resistance (Alternaria solani) in a Solanum lycopersicum × S. arcanum cross

Chaerani

Smulders²,

Linden³

et al. 2006

Theor Appl Genet

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Alternaria solani (Ellis and Martin) Sorauer, the causal agent of early blight (EB) disease, infects aerial parts of tomato at both seedling and adult plant stages. Resistant cultivars would facilitate a sustainable EB management. EB resistance is a quantitatively expressed character, a fact that has hampered effective breeding. In order to identify and estimate the effect of genes conditioning resistance to EB, a quantitative trait loci (QTL) mapping study was performed in F2 and F3 populations derived from the cross between the susceptible Solanum lycopersicum (syn. Lycopersicon esculentum) cv. 'Solentos' and the resistant Solanum arcanum (syn. Lycopersicon peruvianum) LA2157 and genotyped with AFLP, microsatellite and SNP markers. Two evaluation criteria of resistance were used: measurements of EB lesion growth on the F2 plants in glasshouse tests and visual ratings of EB severity on foliage of the F3 lines in a field test. A total of six QTL regions were mapped on chromosomes 1, 2, 5-7, and 9 with LOD scores ranging from 3.4 to 17.5. Three EB QTL also confer resistance to stem lesions in the field, which has not been reported before. All QTL displayed significant additive gene action; in some cases a dominance effect was found. Additive · additive epistatic interactions were detected between one pair of QTL. For two QTL, the susceptible parent contributed resistance alleles to both EB and stem lesion resistance. Three of the QTL showed an effect in all tests despite methodological and environmental differences.

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Section: Dna Isolation and Marker Analysismentioning

confidence: 99%

QTL identification for early blight resistance (Alternaria solani) in a Solanum lycopersicum × S. arcanum cross

Chaerani

Smulders²,

Linden³

et al. 2006

Theor Appl Genet

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“…This narrow diversity makes it difficult to identify molecular markers that are polymorphic in modern breeding material. However, a number of polymorphic microsatellite markers generated from database sequences have been successfully used for genotyping tomato cultivars and accessions (He et al, 2003;Smulders et al, 1997;Bredemeijer et al, 1998).…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

“…It is widely accepted that SSR techniques are expensive if the sequence information for designing the primers has not yet been developed. However, for the tomato, the primer sets for SSR analysis have already been developed (Smulders et al, 1997;Bredemeijer et al, 1998;He et al, 2003). Besides, SSR has recently produced highly informative genotyping sets in other crops, such as leafy brassicas (Celucia et al, 2009), among others.…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Genetic diversity and relationships among different tomato varieties revealed by EST-SSR markers

Korir¹,

Diao²,

Tao³

et al. 2014

Genet. Mol. Res.

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ABSTRACT. The genetic diversity and relationship of 42 tomato varieties sourced from different geographic regions was examined with EST-SSR markers. The genetic diversity was between 0.18 and 0.77, with a mean of 0.49; the polymorphic information content ranged from 0.17 to 0.74, with a mean of 0.45. This indicates a fairly high degree of diversity among these tomato varieties. Based on the cluster analysis using unweighted pair-group method with arithmetic average (UPGMA), all the tomato varieties fell into 5 groups, with no obvious geographical distribution characteristics despite their diverse sources. The principal component analysis (PCA) supported the clustering result; however, relationships among varieties were more complex in the PCA scatterplot than in the UPGMA dendrogram. This information about the genetic relationships between these tomato lines helps distinguish these 42 varieties and will be useful for tomato variety breeding and selection. We confirm that the EST-SSR marker system is useful for studying genetic diversity among tomato varieties. The high degree of polymorphism and the large number of bands obtained per assay shows that SSR is the most informative marker system for tomato genotyping for purposes of rights/protection and for the tomato industry in general. It is recommended that these varieties be subjected to identification using an SSR-based manual cultivar identification diagram strategy or other easy-to-use and referable methods so as to provide a complete set of information concerning genetic relationships and a readily usable means of identifying these varieties.

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“…Este proceso de difusión sometió al tomate a una fuerte presión de selección, provocando el fenómeno genético conocido como "cuello de botella", que redujo extraordinariamente la variación genética de esta hortaliza (Rick, 1976;Rick y Yoder, 1978). Este hecho queda demostrado por la escasa presencia de polimorfismo en los cultivares europeos, respecto a los regionales de Sur América, Centro América y México (Miller y Tanksley, 1990;Williams y St. Clair, 1993;Smulders et al, 1997;Bredemeijer et al, 1998).…”

Section: 2 Difusión Del Tomateunclassified

“…Además la diversidad genética total, Ht, mayor para el conjunto de entradas de México (0.28 ) que para las de España (0.21), apoyarían la existencia del cuello de botella debido al transporte de un número limitado de entradas desde México a España, a partir de donde se inició su difusión por Europa. Este hecho ha quedado también demostrado por la escasa presencia de polimorfismo en los cultivares europeos respecto a los regionales de Sudamérica, Centroamérica y México (Millar y Tanksley, 1990;Williams y St. Clair, 1993;Smulders et al, 1997;Bredemeijer et al, 1998).…”

Section: Iii-2unclassified

Análisis de la variabilidad en las especies del subgénero Eulycopersicon más relacionadas con el tomate cultivado.

Domingos¹

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Queda prohibida la reproducción, distribución, comercialización, transformación, y en general, cualquier otra forma de explotación, por cualquier procedimiento, de todo o parte de los contenidos de esta obra sin autorización expresa y por escrito de sus autores. Impreso en España RESUMENEl Centro de Conservación y Mejora de la Agrodiversidad (COMAV) de la Universidad Politécnica de Valencia alberga una de las colecciones más importantes de entradas del género Lycopersicon, incluyendo el tomate cultivado (Lycopersicon esculentum, L. esculentum var. cerasiforme) y sus especies silvestres relacionadas (L. cheesmanii, L. pimpinellifolium, L. hirsutum, L. pennellii, L. chmilewskii, L. parviflorum L. peruvianum y L. chilense).A pesar de ser el tomate una de las hortalizas de mayor importancia económica a nivel mundial, siguen existiendo ambigüedades en su taxonomía así como dudas sobre su domesticación. De hecho, se observan en muchas ocasiones formas intermedias entre el tomate cultivado y la variedad botánica cerasiforme, así como entre la forma cerasiforme y la especie L. pimpinellifolium. Igualmente se han detectado formas intermedias entre L. pimpinellifolium y la especie L. cheesmanii, endémica de las islas Galápagos. Estas especies constituyen el subgénero Eulycopersicon, interfértiles con el tomate cultivado. De ellas, la variedad botánica cerasifrome está considerada como el ancestro del tomate y se ha comprobado la existencia de fenómenos de introgresión entre L. pimpinellifolium y el tomate. Las teorías sobre la domesticación del tomate no son únicas, oponiéndose las teorías de Jenkins (1948) Para contribuir a la clarificación de estos aspectos, en la presente Tesis Doctoral se persiguen los siguientes objetivos:1.-Estudio de la variabilidad morfológica y molecular de estas especies 2.-Esclarecimiento de las relaciones filogenéticos entre las especies del subgénero Eulycopersicon.3.-Establecimiento de estrategias de conservación de estas especies y en especial de Lycopersicon pimpinellifolium, para la que se han descrito diferencias importantes en el grado de alogamia.4.-Inicio de la formación de una colección nuclear en la colección de entradas de L. pimpinellifolium del COMAV.Se han ensayado un total de 165 entradas del género Lycopersicon, perteneciendo 48 de ellas a Lycopersicon esculentun var. cerasiforme, 86 a L. pimpinellifolium y 31 a L. esculentum, en las campañas de otoño-invierno durante los años 2000-01 y 2001-02. Para la caracterización morfológica de las plantas se han seguido los descriptores de tomate publicados por el IPGRI. La caracterización molecular se realizó mediante marcadores AFLP. Los datos se han analizado mediante análisis multivariante, realizando Análisis de Componentes Principales y Análisis Cluster. En el análisis de datos cuantitativos se han calculado las distancias euclídeas y se ha empleado el método de agrupamiento UPGMA. La robustez y nivel de fiabilidad se ha medido mediante la técnica de remuestreo bootstrap. Se realizó un análisis de la Varianza (ANOVA) y posterio...

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The use of semi-automated fluorescent microsatellite analysis for tomato cultivar identification

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QTL identification for early blight resistance (Alternaria solani) in a Solanum lycopersicum × S. arcanum cross

QTL identification for early blight resistance (Alternaria solani) in a Solanum lycopersicum × S. arcanum cross

Genetic diversity and relationships among different tomato varieties revealed by EST-SSR markers

Análisis de la variabilidad en las especies del subgénero Eulycopersicon más relacionadas con el tomate cultivado.

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