Аутофагия является эволюционным процессом, который направлен на поддержание клеточного гомеостаза путем уменьшения содержания поврежденных органелл и белков, поддержания баланса энергии внутри клетки в стрессовых условиях, которыми являются голодание, гипоксия, гормональная стимуляция, инфекция и другие факторы. При длительном воздействии повреждающих факторов аутофагия, как и апоптоз, может привести клетку к гибели. Представлен обзор роли аутофагии при таких состояниях в репродуктивной системе, как эмбриогенез, имплантация, преждевременная недостаточность яичников, преэклампсия, эндометриоз. Ключевые слова: аутофагия, имплантация эмбриона, преждевременная недостаточность яичников, эндометриоз.