The Role of Aberrant Methylated in Genes Apc, Rassf1a and Itga4 for Diagnosis of Colorectal Cancer

Abstract

1 Федеральный научно-клинический центр специализированных видов медицинской помощи и медицинских технологий ФМБА России, г. Москва, 2 ГАУЗ «Республиканский клинический онкологический диспансер МЗ РТ», г. Казань «Золотым стандартом» диагностики колоректального рака (КРР) является колоноскопия. Несмотря на высокие показатели достоверности, данный метод не применим в масштабных скрининговых проверках населения или для оценки динамики заболевания у конкретного паци-ента.В настоящей работе было проведено исследование аберрантного метилирования в генах APC, RASSF1A и ITGA4. Исследование включало 150 парных образцов опухолевой ткани с известным статусом мутации генов семейства RAS и окружающей гистологически неизмененной ткани пациентов с аденокарциномой прямой кишки. Изучение профилей метилирования производи-лось с помощью метода MethyLight PCR.Наибольшая разница в метилировании между опухолевой и здоровой тканью наблюдалась для гена ITGA4 (чувствительность 78%, специфичность 92,7%). Для гена APC чувствительность составила 32%, специфичность -93,3%, для гена RASSF1 чувствительность была 85,3%, специ-фичность -56,7%.Раннее полученные данные по аберрантному метилированию генов SEPT9 и VIM и новые данные по генам APC, RASSF1A и ITGA4 мы сравнили со статусом мутации в генах KRAS и NRAS. Было обнаружено, что в группе пациентов, имеющих мутации в генах KRAS или NRAS, ДНК опухолевых образцов достоверно чаще метилировано в генах SEPT9 (p = 0.0018) и ITGA4 (p = 0.0044), в отличие от ДНК опухолевых образцов пациентов, не имеющих мутации генов семейства RAS.При статистическом анализе эффективности диагностической тест-системы было показано, что наша модель, включающая в себя пять маркеров метилирования (APC, RASSF1A, ITGA4, SEPT9 и VIM) обладает наилучшими показателями чувствительности и специфичности (82,7% и 97,3% соответственно). Полученную модель диагностической тест-системы предлагается использовать для задач диагностики КРР.Ключевые слова: колоректальный рак, колоноскопия, аберрантное метилирование, гены THE ROLE OF ABERRANT METHYLATED IN GENES APC, RASSF1A and ITGA4 FOR DIAGNOSIS OF COLORECTAL CANCERBrovkina O.I., Gordiev M.G., Toropovskiy A.N., Khodyrev D.S., Nikitin А.G., Averyanov A.V., Troitsky A.V.The "gold standard" of diagnosis of colorectal cancer (CRC) is a colonoscopy. Despite the high reliability, this method is not applicable in large-scale population screening or in estimation of the disease dynamics in a particular patient.In this study, we conducted an investigation of aberrant methylation in the APC, RASSF1A and ITGA4 genes. The study included 150 pairs of tumor tissue samples with known mutation status of the RAS family genes and the surrounding histologically unchanged tissue of patients with rectal adenocarcinoma treated at the Republican Clinical Oncology Dispensary of the Ministry of Health of the Republic of Tatarstan. The methylation profiles were studied using MethyLight PCR.