Spatially Resolved Top-Down Proteomics of Tissue Sections Based on a Microfluidic Nanodroplet Sample Preparation Platform

Recent Advancements in Subcellular Proteomics: Growing Impact of Organellar Protein Niches on the Understanding of Cell Biology

“…Spatial proteomics faces challenges in achieving consistent and accurate results due to minor differences in sample handling, staining protocols, and instrumentation . Standardizing protocols is difficult due to the many parameters involved in optimizing protocols.…”

Digital Microfluidics and Magnetic Bead‐Based Intact Proteoform Elution for Quantitative Top‐down Nanoproteomics of Single C. elegans Nematodes

“…To date, TD nanoproteomics approaches have only sparsely been reported. TD sample preparation for low cell numbers based on the nanoPOTS workflow allowed the identification of up to 620 proteoforms from 770 HeLa cells and quantification of proteoforms from tissue sections [11, 12] . More recently, single‐cell TD proteomics employing on‐capillary lysis followed by CE‐MS/MS was presented [13] …”

“…TD sample preparation for low cell numbers based on the nanoPOTS workflow allowed the identification of up to 620 proteoforms from 770 HeLa cells and quantification of proteoforms from tissue sections. [11,12] More recently, single-cell TD proteomics employing on-capillary lysis followed by CE-MS/ MS was presented. [13] Single-pot, solid-phase-enhanced sample preparation (SP3), [14] a versatile one-pot sample preparation strategy, has recently been adapted for numerous sample types and applications in BU proteomics.…”

Elution von intakten Proteoformen von magnetischen Partikeln kombiniert mit digitaler Mikrofluidik für die quantitative Top‐down‐Nanoproteomik von einzelnen C. elegans‐Nematoden

“…Typische TD‐Ansätze erfordern daher noch immer relativ große Probenmengen [10] und spezialisierte Probenvorbereitungsschritte, und Berichte über TD‐Nanoproteomik sind derzeit noch selten. Beispielsweise ermöglichte eine auf der nanoPOTS‐Methode basierende TD‐Probenvorbereitung die Identifizierung von bis zu 620 Proteoformen aus 770 HeLa‐Zellen sowie die Quantifizierung von Proteoformen aus Gewebeschnitten [11, 12] . Ein noch neueres Beispiel ist die TD‐Proteomik einzelner Zellen durch CE‐MS/MS, wobei die Zellen innerhalb der Kapillare lysiert wurden [13] …”

“…Beispielsweise ermöglichte eine auf der nanoPOTS-Methode basierende TD-Probenvorbereitung die Identifizierung von bis zu 620 Proteoformen aus 770 HeLa-Zellen sowie die Quantifizierung von Proteoformen aus Gewebeschnitten. [11,12] Ein noch neueres Beispiel ist die TD-Proteomik einzelner Zellen durch CE-MS/MS, wobei die Zellen innerhalb der Kapillare lysiert wurden. [13] Die Ein-Topf-Festphasen-unterstützte Probenvorbereitung (single-pot solid phase-enhanced sample preparation, SP3) [14] ist eine vielseitige Methode zur Durchführung der kompletten Probenvorbereitung in nur einem einzigen Gefäß und wurde in den letzten Jahren für verschiedene Probenarten und Anwendungen in der BU-Proteomik eingesetzt.…”